船舶抵押权的实现也称船舶抵押权的实行或实施，指债务履行期届满抵押权人未受清偿的，可以通过一定的方式变价处分被抵押的船舶，并从所得的价款中优先受偿的制度。船舶抵押权在其实现的条件成就之前，一般只是当事人间约定的一项主观权利，如果借贷期限届满而发生借贷债权未被履行的行为时则成就了实现船舶抵押权的条件，主观的抵押权也就进入了实现其担保性作用的阶段，因此可以说航运融资中船舶抵押权实现的实质是其所担保的贷款债权的实现。
实现抵押权尤其是实现船舶抵押权是具有较强实务性的问题，《海商法》第11条关于抵押权人可采用“依法拍卖”的方式实施船舶抵押权的规定可以说过于简单，法条本身没有明确“依法拍卖”是否必须经过法院拍卖、是否仅允许采用单一的拍卖方式。该法条除存在不具有可操作性的问题外，实务中也存在其他一些问题，主要是海商法所规定的单一拍卖方式使当事人缺乏实现抵押权方式的选择权。《担保法》第53条的规定则使当事人在选择抵押权实现方式上具有一定的灵活性，抵押权人“可以与抵押人协议以抵押物折价或者以拍卖、变卖该抵押物所得的价款受偿;协议不成时，抵押权人可以向法院提起诉讼。”但法律对折价、变卖的具体实施缺乏进一步规定，也存在法律适用上的真空，有可能产生新的问题，立法应对此予以关注。
通过法院拍卖船舶实现抵押权是较为稳妥的方式，有利于对各方利益的保护，但当事人应该了解相应的法律程序，抵押权人还应了解因被扣船上有可能存在船舶优先权或船舶留置权而使自己的债权能否受到清偿或者足额清偿处于不确定状态。
经过法院拍卖是强制实现抵押权的基本方式，依最高人民法院《关于海事法院诉讼前扣押船舶的规定》和《关于海事法院拍卖被扣押船舶清偿债务的规定》 ，抵押权人如通过海事法院拍卖船舶的，应按照法定诉讼程序进行。抵押权人可以通过扣船进行诉前财产保全，诉前扣船须遵循以下程序：⑴向海事法院提交诉前扣船的书面申请并提供相应的证据，这些证据包括借贷合同、船舶抵押合同及债务人因过错未能履行借贷合同的证据，申请扣押的船舶只能是被抵押的船舶。⑵海事法院接到扣船申请后予以审查，认为符合扣船条件并有合理依据的，则在48小时内作出准予扣船的裁定、发布扣船令，并责令船舶所有人提供担保。⑶为防止错误扣船，抵押权人申请扣船时还应按海事法院决定的担保种类、方式和金额提供担保，否则，海事法院将驳回其申请。⑷抵押权人支付扣船申请费，执行扣船的其他费用由被申请人(债务人)支付。
抵押权人向扣船的海事法院提起诉讼，拍卖船舶时须遵循以下程序：⑴应在扣押船舶期限内提起诉讼，依我国《民事诉讼法》，涉外案件的扣船期限为30日，国内案件的扣船期限为15日。抵押权人在该期限内起诉的，对所扣船舶由诉前财产保全转为诉讼财产保全;未在该期限内起诉的，期限届满时海事法院将释放被扣押的船舶。⑵向扣船的海事法院提交拍卖船舶的书面申请。⑶海事法院审查后认为符合规定条件的，作出准予拍卖或不准予拍卖的裁定书，当事人对此裁定不服的，可以申请复议一次。抵押权人提出拍卖船舶申请后又提出终止拍卖的，应由法院裁定是否准许。⑷海事法院向被拍卖船舶的登记当局、已提出请求的船舶优先权人、已登记的其他抵押权人和船舶所有人等发出售船通知。⑸发布拍卖船舶的公告，海事法院拍卖船舶应在我国对外发行的主要报刊和当地报刊上连续公告3日。⑹海事法院组织拍卖船舶委员会来负责与船舶拍卖有关的工作。⑺与拍卖该船舶有关的债权人，应自公告之日起60日内向海事法院办理债权登记，提交书面申请，出具享有债权的证据、个人或者法定代表人身份证明及其他有关文件。
船舶经法院拍卖后所得的价款及利息扣除诉讼费用，扣除为保存、拍卖船舶和分配船舶价款所产生的费用以及为海事请求人共同利益支付的其他费用后，则为清偿债务的费用。依《海商法》第11、19、25条，船舶抵押权人的受偿顺序因该被执行船舶上存在的各种不同情况而有所区别：⑴当该船舶上同时存在着船舶优先权、船舶抵押权、船舶留置权时，抵押权所担保的债权位于船舶优先权、船舶留置权所担保的债权之后受到清偿。⑵当该船舶上存在着两个以上抵押权时，则按抵押权登记的先后顺序确定清偿顺序，登记在先的优先清偿;同日登记的，同时受偿。⑶当该船舶上存在有抵押权所担保的债权和无担保的普通债权时，抵押权所担保的债权优先于普通债权受偿。
我国《海商法》关于实现船舶抵押权的以上规定符合《1993年统一海事留置权 和抵押权国际公约》规定的基本精神，例如，在船舶优先权的项目和位次上，比传统船舶优先权的项目有所减少，进而提前了船舶抵押权的受偿倾位，体现了对抵押权人利益的保护。当然，这两种不同类别的优先权在所保障的主债权方向上不完全一致，在担保其偿还的优先顺序上必然存在一定的矛盾，国际间一直在寻求更好的解决途径。
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