滞纳金数额计算应当坚持自愿、公平和诚实信用原则，不应拘泥于最高人民法院《关于逾期付款违约金应当按照何种标准计算问题的批复》的规定。
1999年1月29日，最高人民法院审判委员会第1042次会议通过的《关于逾期付款违约金应当按照何种标准计算问题的批复》规定：“对于合同当事人没有约定逾期付款违约金标准的，人民法院可以参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算逾期付款违约金。中国人民银行调整金融机构计收逾期贷款利息的标准时，人民法院可以相应调整计算逾期付款违约金的计算标准。”在司法实践中，现在一般按照每日万分之二点一的标准计算违约金的数额。本案中，由于被告黄晓军在原告起诉前分文未付，故其违约日期应当自2006年1月1日起计算至2006年9月3日（立案前一日）。按照最高法院的批复进行计算，被告黄晓军应当给付原告滞纳金 51 660元。而依照协议的约定，被告黄晓军应当给付原告滞纳金1230万元。很显然，依据不同的计算标准得出的数额相差巨大，依照协议的约定所计算得出的数额是按照最高法院的批复计算数额的238倍多。
公平原则在民法上主要是针对当事人间的合同关系提出的要求，是当事人缔结合同关系，尤其是确定合同内容时，所应遵循的指导性原则。它具体化为合同法上的原则就是合同正义原则。是否公平的判断依据采主观等值原则，即当事人主观上愿以此给付换取对待给付，即为公平合理，至于客观上是否等值，在所不问。本案中，原被告双方签订的协议是双方的真实意思表示，且不违反法律法规或社会公共利益，应为合法有效。原告在庭审中明确要求被告黄晓军给付滞纳金100万元，该数额远远低于依照协议约定计算的滞纳金数额，且该数额没有超出本金。如果按照最高法院的批复进行计算，该数额对原告而言，显失公平，既不足以弥补原告的损失，又不能对违约方起到制裁作用，故不应适用该批复的规定。
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