货运代理人作为被告的案件具有种类多样性与相对复杂的特点，双方的诉争焦点主要集中在货运代理人的法律地位即承运人与代理人身份的识别、托运人与代理人权利义务的划分与确定、货运代理人与托运人身份的识别等，同时，因货运代理人扣单、保证船期、转委托引发的诉讼也很多。对于此类案件的处理，首先应当以法律为依据，在法律无明确规定的情况下，应当考虑货运代理业的惯例，以公平为原则进行判决。
货运代理人能否以扣单的形式索取报酬的问题
实践中，货运代理人在托运人不能给付代垫费用时，常常采取拒绝向托运人交付有关出口、出运单据的形式向托运人施加压力，因此而引发纠纷。此类纠纷所涉及的主要法律问题是否可认定货运代理人的扣单行为是其行使留置权。相对于托运人应付的运费数额来讲，货运代理人扣押的单据通常价值较大，因此扣单可能造成巨大损失。相关单据是货运代理人在处理托运人委托事物中取得的，根据《合同法》第四百零四条规定，其应当履行及时交付单据的义务。而留置权为担保物权，《担保法》和《物权法》明确规定留置的标的限于债权人依法占有的债务人的动产，而货运代理人"留置"的是单据，因此关于货运代理人扣单是行使留置权的观点缺乏法律依据。
在货运代理人保证船期的情况下，其应否就货物的迟延交付承担赔偿责任的问题
传统意义上的货运代理人与托运人之间为一般的委托代理法律关系，只要货运代理人在承运人的选择上尽了合理谨慎的义务，就适当地履行了其与托运人之间的委托合同的义务，而无需对运输过程中与货物有关的损失承担责任。保证船期是在激烈的货运代理市场竞争中产生的一种现象。所谓保证船期，并非是指保证船舶的开航日期，而是指保证船舶到达目的港的日期。
在海运实践中，船舶不能按照预定期限抵达卸货港是经常存在的现象，货物的买方会在当地市场发生变化的情况下以此为由拒收货物，因此托运人通常希望得到准确的船期保证。有些货运代理人为了揽取货物，会对船期做出承诺。而海运实践中，经常会有一些无法预测的因素左右着船期，保证船期虽然可以暂时提高货运代理人的竞争力，但更多的时候可能成为束缚自己的一个枷锁，因为保证船期可能会使货运代理人承担更重的法律责任。
对于货运代理人在保证船期情况下产生的迟延交付的法律责任，首先应当依照双方当事人的约定，如果货运代理人确实存在保证船期的行为，按照"承诺必须履行"的原则，在此情形下产生的货物迟延交付，视为货运代理人作为受托人对委托人就委托合同的违约，与托运人基于运输合同起诉承运人是两个完全不同的法律关系。但如何判断货运代理人的行为构成"保证"是一个难点。考虑货运代理行业的特点及责任能力，原则上不宜轻易认定货运代理人具有"保证船期"的行为，除非货运代理人非常明确、毫无保留地"保证了船舶的到达期限"，造成相对人的合理信赖，并因该信赖而影响相对人对自己的行为作出判断。
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