特许经营合同纠纷本质上属于合同纠纷，根据《民事诉讼法》第24条的原则规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。实践中，当事人往往对管辖问题作出约定，人民法院经审查合法有效的，不违反关于知识产权案件专属管辖和级别管辖规定的，可以按照约定确定管辖法院。
特许经营合同在我国是一种比较新型的合同类型。特许经营在买践中往往被称为加盟经营或者特许连锁。对于特许经营的类型和具体范围，各国认识并不完全一致。特许经营作为一种合同行为，在我国合同法上并没有作出明确界定，但作为一种市场经营行为，已经普遍存在而且有不断扩张、蓬勃发展的明显趋势。在我国，原国内贸易部曾于1997年11月1日颁布《商业特许经营管理办法（试行）》，2004年12月30日商务部令第25号发布了《商业特许经营管理办法》。2007年２月６日国务院令第485号发布了《商业特许经营管理条例》（自2007年５月1日起施行），这个行政法规是我国目前专门规制特许经营的最高层级的规范性文件。
参照我国有关的行政法规并结合国外立法例和一些学术理解，特许经营应当具有如下特征：（１）特许人与被特许人之间为合同关系；（２）特许人向被特许人提供注册商标、企业标志、专利、专有技术等经营资源，并进行营业指导和援助；（３）在统一经营体系下从事经营活动（即被特许人服从特许人的控制）；（４）被特许人向特许人支付报酬；（５）两当事人是独立的经营者，被特许人依其自有资本进行经营，但并不排除特许人的资金支援。
虽然特许经营也被称为特许连锁，但并非连锁经营都构成特许经营，直营连锁因连锁店属于总部自有、非独立经营而不属于特许经营范畴。特许经营与特约经销、特约代理、独家经销（如特约店、代理店、专卖店）也有所不同。特许经营是总部将商标、商号、专利、经营诀窍等的使用许可和经营指导等作为组合提供与加盟店的，由此获得加盟店支付的使用费。与此相反，特约店、代理店、专卖店是基于定型合同（格式合同），就附有某一制造商商标的特定商品进行持续性地买人、再卖出，或者受其委托经销该产品。在特许经营中，必须要确保特许经营体系的统一性和产品、服务质量的一致性，即总部对加盟店的经营给予全面的指导、援助；在特约店、代理店、专卖店中，也有制造商对其进行指导、援助的，但这只不过是制造商附随商品的批发销售的二次行为，该行为自身通常不能请求支付使用费。
特许经营本身是一项民商事行为（合同行为），本质上属于民商事法律的调整范围。特许经营的核心内容是涉及商标、商号、专利和专有技术等的许可使用问题。因此，对于因特许经营引发的纠纷，除了适用（合同法》以外（尽管特许经营合同不属于《合同法》列名合同），一般情况下都会涉及《商标法》、《专利法》、《反不正当竞争法》等知识产权法律的适用问题，而其他相关法律多是偶尔或者附带涉及。可以说，因特许经营产生的纠纷一般情况下都是直接与知识产权有关的合同纠纷或者侵权纠纷。因此，《规定》将之列入知识产权合同纠纷。
《特许经营管理办法》第七条，特许人从事特许经营活动应当拥有成熟的经营模式，并具备为被特许人持续提供经营指导、技术支持和业务培训等服务的能力。
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