民诉法经最新修改后在第15章特别程序中增加了一节即第六节“确认调解协议案件”程序，其中，第195条规定“人民法院受理申请后，经审查，符合法律规定的，裁定调解协议有效，一方当事人拒绝履行或者未全部履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行;不符合法律规定的，裁定驳回申请，当事人可以通过调解方式变更原调解协议或者达成新的调解协议，也可以向人民法院提起诉讼。”这一条规定主要是对法院受理申请后，如何进行确认调解协议案件作出的具体程序规定，但法院受理此类案件后如何进行审查，该规定未明确详细的操作细则。目前，需要重点解决以下两个问题：
(一)关于审查的方式
在确认调解协议案件审查程序中，法院在受理双方当事人的确认申请后，对当事人提交的人民调解协议和其他证明材料应采用何种方式进行审查，法律未作出明确规定，实践中也一直存在争议：全部进行实体审查无疑会影响案件的办理效率;而如果仅对调解协议进行形式审查，就有可能使得一些违反法律规定，侵害国家利益、社会利益，以及案外他人合法利益的调解协议获得法定的强制执行力，从而损害国家、社会以及案外他人的合法利益。从我国目前司法实践和司法解释来看，法院对调解协议的审查采取形式审查和有限的实体审查相结合的方式更为有利，也更符合这一特别程序的性质。形式审查可以缩短审查时间，正好契合司法确认程序追求高效简洁的需求，而且与实质审查方式相结合，更有利于效率的提高。如果对于当事人提交不真实的材料，导致了错误的司法确认，可以设置相应的对当事人和案外人的救济渠道，而无需从一开始即采用严格的实质审查方式。
(二)关于审查的内容
首先应当明确，确认调解协议审查的对象应该是调解协议，而非案件本身。确认调解协议审查的重点在于调解程序的合法性审查，而不应对纠纷案件本身进行全面的实体审查，否则，确认调解协议案件的审查就成了司法审判。因此，人民法院在司法确认程序中对调解协议的内容主要审查其是否符合自愿、合法原则：第一，审查调解协议是否违反自愿原则。违背自愿原则的情形主要包括当事人在违背真实意思的情况下签订调解协议、调解协议显失公正、调解组织或者调解员强迫调解或者与案件有利害关系的情况等;第二，审查调解协议是否违法。违法的情形主要包括违反法律或者行政法规强制性规定，侵害国家利益、社会公共利益，侵害案外人合法权益，涉及是否追究当事人刑事责任，调解组织或者调解员有其他严重违反职业道德准则的行为等;第三，审查调解协议是否内容明确。确认调解协议的目的之一是使调解协议获得现实的强制执行力，如果执行内容不明确，确认调解协议也就没有多大意义;第四，审查调解协议是否损害社会公序良俗。
综上所述，确认调解协议的程序使得经过法院确认后的人民调解协议具有了强制执行的效力，这充分利用了司法资源，省去了不必要的诉讼时间，减轻了法院的办案压力;同时有助于震慑签订调解协议后拒不履行义务的当事人。但是，现有民诉法的规定依旧过于原则，因此，确认调解协议的程序加以具体化、明确化，从而建立健全诉讼与非诉讼相衔接的矛盾纠纷解决机制，促进各种纠纷解决机制相互配合、相互协调和全面发展，共同维护社会和谐稳定。
