1、印花税直接进入费用，不需要计提。
2、运输合同计算印花税，税率万分之五，如无合同，运输发票作为合同性质的凭证，就是说按评分金额贴花（计算印花税 ）。计税依据为运输费用（发票金额），抵扣的进项税也是印花税的计税依据。
3、购销合同计算印花税，并非按销售收入和成本，而是按照采购合同、销售合同金额计算。当然，有些税务机关是按收入、成本发生数核定征收的，这就另当别论了。
货物运输合同的计税依据为运费收入，不包括所运货物的金额、装卸费和保险费等。
对国内各种形式的货物联运，凡在起运地统一结算全程运费的，应以全程运费为计税依据，由起运地运费结算双方缴纳印花税；凡分程结算运费的，应以分程的运费作为计税依据，分别由办理运费结算的各方缴纳印花税。
运输合同包括客运合同、货运合同、以及多式联运合同三种。依据《中华人民共和国合同法》第二百九十三条：客运合同自承运人向旅客交付客票时成立，但当事人另有约定或者另有交易习惯的除外。第三百零四条：托运人办理货物运输，应当向承运人准确表明收货人的名称或者姓名或者凭指示的收货人，货物的名称、性质、重量、数量，收货地点等有关货物运输的必要情况。第三百一十七条：多式联运经营人负责履行或者组织履行多式联运合同，对全程运输享有承运人的权利，承担承运人的义务。
根据国家税务总局《关于货运凭证征收印花税几个具体问题的通知》和国家税务总局《关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》的有关规定，在货运业务中，凡直接办理承托运费结算的双方，均为货运凭证印花税的纳税人。代办承、托运业务的单位负有代理纳税义务，代办方与委托方之间办理的运费清算单据，不缴纳印花税。在代理业务中，代理单位与委托单位之间签订的委托代理合同，凡仅明确代理事项、权限和责任的，不属于应税凭证，不贴印花。因此，货运代理企业与货主签订的运输代理合同和开出的货物运输代理业专用发票，不属于印花税应税凭证。货运代理企业与货运企业签订的运输合同，就要缴纳印花税。如果没有签订运输合同，仅取得运输发票的，则以运输发票代合同贴花。第五稽查局按规定对你公司上述行为作出的处理决定是正确的。
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