抵销发生债务清偿的效力，自债务抵销时起，双方互负债务按照抵销数额消灭。双方债务数额相等时，双方互负债务均归于消灭。但这种情况在实践中极为罕见，绝大多数情况双方债务数额不等，只能抵销一部分。在这种情况下，债务数额较小的一方债务消灭，债务数额较大的一方只消灭一部分债务，未抵销的债务仍须清偿。如果在协议抵销中，债权数额较大的债权人就未抵销的部分放弃债权，是当事人对自己权利的处分，只要不违背法律规定，又是自愿，可以允许。
抵销的债务利息计算到抵销之日，抵销时未到期的债务，如系债权人提出抵销，可视为对期限利益的放弃，不再扣除未到期的利息。在协议抵销时，利息是否扣除由当事人协商确定，在一般情况下应扣除未到期的利息。
