1.风险种类与赔付条件不同。
工程保险所赔偿的只能是由于自然灾害或意外事故引起的;而工程保证担保的是人为因素，换句话说，其保证的对象是因资金、技术、非自然灾害、非意外事故等原因导致的违约行为，是道德风险。保险人履行保险责任是以收取保险费为前提;而保证人履行保证责任则无需对价条件。
2.风险方式不同。
保险合同是在投保人和保险人之间签订的，风险转移给了保险人。提供保证担保的保证担保人一般会采取以代理加反担保的方式将风险最终转移给委托人自己。
3.风险责任不同。
依据担保法律，委托人对保证人为其向权利人支付的任何赔偿，有返还给保证人的义务;而依据保险法律，保险人赔付后是不能投保人追偿的。另外，在保证担保中，保证人承诺的责任通常属"第二性"赔付责任。
4.风险选择不同。
同样作为投保人，保险没有选择性，只要投保人愿意，都可以被保险。保证担保则不同，它必须通过资信审查评估等手段选择有资格的委托人。因此，在发达国家，能够轻松地拿到保函，是有信誉、有实力的象征。也正因为这样，通过保证担保可以建立严格的建设市场准入制度。
5.风险预期不同。
保险业对于风险损失是有预期的，而保证担保在理论上却不希望发生风险损失，这可能是不现实的，但却是保证担保的原理。由于保证担保人在出具保函前要对委托人的各种有关情况进行调查，进行充分的可行性研究，所以，一旦决定保证担保，基本上能确信不大可能发生委托人不履约行为。换句话讲，保险建立在实际可计算的预期损失基础上，而保证担保则建立在委托人的信用等级和履约能力基础上。保险造就的是互助机制，保证担保造就的是信用机制。形成信用机制是建立工程保证担保制度的主要目的所在。
6.合同的性质不同。
保证保险合同一经成立便产生独立的权利义务关系，属于双务有偿合同。保证担保合同则表现为单务无偿合同。保证担保合同作为主合同的附属合同，与主合同之间存在着主从关系。保证担保合同以主合同的存在为前提，其本身不能独立存在。
7.保证的范围不同。
保证保险合同中，被保险人履行保证保险责任仅限于保险合同约定的保险金额限度内的贷款本金和利息，对于违约金、逾期利息、罚息等均不属于赔偿范围。保证担保的范围包括主债权及利息、违约金、损失赔偿金以及实现债权的费用。当事人对保证担保的范围未做约定或约定不明确时，保证人应当对全部债务承担责任。
