新的《管理办法》加强了保荐机构的内部控制。要求保荐机构建立健全工作底稿制度，为每一项目建立独立的保荐工作底稿，明确要求保荐业务负责人、内核负责人负责监督、执行保荐业务各项制度并承担相应的责任。
针对少数保荐代表人利用其在发行上市环节的便利，沦为“签字机器”甚至谋取不正当利益等市场质疑的弊病，管理办法明确禁止保荐机构及其保荐代表人通过从事保荐业务谋取不正当利益，并规定了相应的处罚条款。
办法要求，保荐代表人不因迎合发行人或满足发行人的不当要求而丧失客观、公正的立场，不得唆使、协助或参与发行人及证券服务机构实施非法或欺诈行为。保荐代表人及其配偶不得以任何名义或者方式持有发行人的股份。否则可能面临撤销保荐代表人资格的处罚；情节严重的还将被处以市场禁入。
管理办法还加强了监管及处罚措施，对保荐工作底稿存在虚假记载、误导性陈述或重大遗漏，谋取不正当利益等情形，将给予暂停保荐机构资格三或六个月的处罚，保荐代表人未参加尽职调查、尽职调查工作日志缺失或遗漏、隐瞒重要问题，将被处三至十二个月内不受理其负责的推荐，撤销代表人资格的处罚。
对多次违反管理办法的保荐机构、保荐业务负责人或者内核负责人，将处以暂停保荐机构的保荐机构资格三个月，更换保荐业务负责人、内核负责人或六个月内不受理相关保荐代表人具体负责的推荐等处罚。
证监会新闻发言人就此对记者表示，完善保荐制度将减少政策的不确定性，推动证券发行核准制向注册制转变。管理办法在实施中，将更大限度发挥律师、审计师等中介专业机构的作用，更重视从投资者特别是普通公众的角度提升保荐质量。
