银行经营也存在风险，由于我国农村建设的主体薄弱，农村金融市场的开发前景不容乐观。虽然当前的风险管理模式在一定程度上取得了良好的效果，但在农村金融机构的构建中仍存在诸多问题，阻碍的了农村金融市场前进的步伐。
服务对象较特殊，信用风险较高。农村金融机构服务对象主要是大量的农户和中小型企业，他们既没有以往的信用记录，也没有完善的财务及产业发展系统可供评估，更没有相关的专业评估机构对其进行评估。因此，信用风险亦是其面临的主要风险之一。在经济欠发达的农村地区，金融生态环境较差，一些贷款户的信用意识、法律意识淡薄，逃、废、赖债等情况不同程度地存在，信贷资金安全面临较大风险。
经营成本较高，盈利风险大。农村金融机构的客户多数是农民，他们以传统的种养业为主，贷款较多，利润率低且风险较高。同时，农民居住具有偏、散、远的特点，导致农村金融机构业务经营成本比较高，影响金融机构的经济效益。然而农村金融机构的微型化、分散化，在应对储户提现和其他日常运营等问题上，所需的高流动性资产与总资产的比例相对较高，导致资金成本相对较高，无疑增加了农村金融机构的盈利风险。
监管压力加大，监管风险增高。当前，银行监管部门对农村金融机构采取“低门槛、严监管”的管理模式，适当降低金融机构和开展业务的市场准入条件，增加农村地区正规金融机构的覆盖面。同时，由于农村金融机构成立时间短、经营压力重，在人员素质和内控建设等各个方面还有待提高，贯彻监管政策和落实监管要求的意识和能力还有待提升，导致逃避监管的现象时有发生，给监管工作带来一定的阻力。
防范农村金融机构风险的对策建议
由于我国农村金融机构面临着较多的风险问题，这对金融体制的完善存在较大的阻碍。因此，完善农村金融机构，切实做好相关工作，服务好“三农”，仍需深入建设。
强化农民的主体地位，打造良好的群众基础在农村金融市场的建设中，关于农民的主体地位不能动摇，要基于相关的扶持政策，引导农民积极参与。政府也应该在信贷方面，放宽担保方式，普遍农户的小额信贷和联合担保的信贷机制，为被动中的农民获取更多信贷的机会。这对于全面发展农村金融市场具有良好的作用，也是打好群众基础的有效途径。
健全农村社会信用体系，建立科学、有效的风险防范机制信用风险是农村金融机构发展过程中最重要的风险之一。因此，必须健全农村社会信用体系，建立科学、有效的风险防范机制。首先，建立信用评级机构，尽快完善对农户和农村中小企业的信用等级评级，以此来决定对农户和农村中小企业的授信额度。其次，推动建立全国农村统一的乡镇企业和农户信用代码、信用征集、信用评级、信用担保、失信惩戒制度。再次，制定严格的贷款管理制度，可以要求农户或农村中小企业提供可靠的担保人，解决信息不对称导致的逆向选择问题。最后，探索农村土地产权和宅基地使用权的抵押和担保模式。
创新农村金融服务模式，加强信贷风险管理目前我国农村金融市场担保体系和信用制度尚未建立，加之金融机构服务对象主要是一些收入较低的低端客户，受经济状况限制，这类客户很难拥有传统的抵押担保品，使得机构开展业务时面临较高的信贷风险。因此，农村金融机构应该创新农村金融服务模式，在放贷过程中采用比其他机构更灵活的担保形式，赢得服务群体的同时降低自身经营风险。如在农业产业化程度较高的地区，可采用“龙头企业+金融机构+农户”模式，通过农户与企业签订合同，由农业企业作为农户与金融机构之间的担保中介，金融机构向农户提供贷款以从事农业生产，而农业企业可以优先以协议价格收购农产品，最终农户利用作物销售收入偿还贷款。
