一、法律地位的不同。 一人公司是指只有一个自然人股东或者一个法人股东的有限公司，且依据《公司法》调整、约束和规范运行的，属于企业法人。依公司法理，一人公司有自己独立的财产，以自己的内部组织机构完成经营管理活动，承担有限责任。一人公司与一人公司的股东是两个不同的法律主体，二者不能混同。个人独资企业，是指依照《个人独资企业法》规定，在中国境内设立，由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体，且依据《个人独资企业法》调整和约束，是业主制企业，不是企业法人，个人独资企业不能成为独立的法律主体。
二、设立的法定条件不同。
(1)出资限额。 一人公司的注册资本最低限额为人民币10万元，股东应当一次性足额缴纳公司章程规定的出资数额，必须经依法设立的验资机构验资并出具证明。《个人独资企业法》对投资人的出资没有限额的要求，由投资人自行申报投资数额，也不需要经法定验资机构验资。
(2)出资方式。 一人公司的股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。《个人独资企业法》对投资人的出资方式、种类、期限均不作任何限制和规定。
(3)登记手续。一人公司的股东除提交设立申请书、投资人身份证明和生产经营场所使用证明外，必须制定公司章程，由验资机构验资并出具证明，一并提交工商行政管理机关登记。个人独资企业的投资人或者其委托的代理人，只需向工商行政管理机关提交个人独资企业设立申请书、投资人身份证明和生产经营场所使用证明。一人公司领取的是公司营业执照(载明是自然人独资或者法人独资情况)，个人独资企业领取的个人独资企业营业执照。
三、股东对企业债务承担的责任不同。一人公司是独立的企业法人，股东仅以其所认缴的出资额为限对公司债务承担有限清偿责任，一般不会牵涉到股东的其他个人财产，但为防止股东滥用公司法人独立地位和有限责任原则，保护债权人的利益，新《公司法》采用严格的法定资本制(较高的最低资本限额、不适用分期到位)、严格的书面决策制、财务报告审计制等规定，来尽量保证一人公司的经营不损害公司债权人和社会的公共利益。个人独资企业不具备法人资格，投资人以个人财产对企业债务承担无限清偿责任，而且《个人独资企业法》第十八条还规定：“个人独资企业投资人在申请企业设立登记时明确以其家庭共有财产作为个人出资的，应当依法以其家庭共有财产对企业债务承担无限责任。”具体在诉讼中，要求一人公司承担民事责任时，一般只能公司本身为被告，当需要对公司人格进行否认时，应以公司和股东为共同被告，股东主张自己与公司相互独立的，应当举证公司的财产独立于自己的财产。要求个人独资企业承担民事责任时，依《民事诉讼法》第四十九条之规定可以单独作为被告参加诉讼，在执行中先以个人独资企业的财产承担民事责任，不足清偿的，在执行程序中人民法院可以裁定执行该独资企业业主的其他财产。也可以在起诉时直接以企业业主为被告，直接要求企业业主承担民事责任。
