两种诉讼的区别在于：
(1)两种诉讼制度设计的理念不同。在直接诉讼中原告必须提出他受到的伤害不同于其他股东受到的伤害。直接诉讼是为个别利益受到公司侵犯的股东而设立的保障体制，目的在于保护股东合法权益。派生诉讼主要是中、小股东对那些在大股东庇护之下而侵犯公司利益的管理层提起的诉讼。其根本理念在于对中、小股东权益应当实施公平保护。
(2)提起诉讼的原因不同。股东提起直接诉讼的原因一般在于公司侵犯了股东法定的或约定的权利(如违反公司章程)或者与股东股份相关的权利。因而实际上直接诉讼主要涉及股东与公司之间的合同关系。股东提起派生诉讼的原因通常涉及董事的信托义务以浪费公司资产?如董事失职 而给公司造成了损失，所涉及的其实是一种侵权关系。
(3)诉讼中的当事人的地位不同。在直接诉讼中股东为原告，公司为被告，各自享有不同的诉讼权利。派生诉讼一般可以被看做一个双重诉讼，即由公司对造成公司损害的第三人提起损害赔偿或其他补偿的诉讼和原告股东基于公平对公司提起诉讼，要求法院发布命令迫使公司提起前述诉讼的诉讼合并而成。因此，派生诉讼实际上是一个三方诉讼，股东为原告，加害人为被告，公司尽管可能由于大股东控制其实际站在被告一方，为其辩护，但依照法定，公司在派生诉讼中始终应当以名义原告出席诉讼。
(4)诉讼的形式不同。直接诉讼依据参加诉讼的原告数量不同可以采取普通诉讼的形式也可以采取集团诉讼的形式，而派生诉讼一般都采取集团诉讼形式。
(5)诉讼继续进行附加条件不同。直接诉讼通常按照普通民事程序进行，一般不附加条件。而在派生诉讼中为了防止股东“敲竹杠诉讼”一般都附加“对董事要求”、“对股东要求”、“当时所有权规则”和“费用担保规则”等条件，也即原告股东只有拥有了合符法定要求的股份、提供了适当的费用担保并经董事会或股东会同意后，诉讼才能继续进行，否则，法院有可能中止诉讼，等待合符条件的股东出现后再恢复诉讼。
(6)原告对诉讼费用的负担不同。直接诉讼按照“支付自己的律师”原则，原告的诉讼费用应由股东自己承担。在派生诉讼中为了提高诉讼效率，解决阻碍提起有益诉讼的“搭便车”问题，原告诉讼费用一般按照“共同基金”的原则由公司支付。
(7)对撤诉和进行诉讼和解的要求不同。在直接诉讼中，原告股东可以自由处分自己的民事权利、撤销诉讼请求或进行诉讼和解。在派生诉讼中，由于诉讼涉及整个公司的“公益”原告股东进行和解或撤诉应当由法院批准并有义务向其他股东披露与此相关的事项。
