除了普通清算程序外，《办法》还规定了特别清算程序。 关于特别清算程序的适用条件和程序仅供参考。与普通清算程序最大不同，特别清算程序中，清算委员会不是由董事会负责组织设立的，而是由企业审批机关或其委托的部门负责组织设立。
1 特别清算程序的适用条件：
1) 企业不能自行组织清算委员会进行清算或者依照普通清算的规定进行清算出现严重障碍的(企业权力机构、投资者或者债权人可以向企业审批机关申请进行特别清算。);
2)企业被依法责令关闭而解散，进行清算的;(《办法》第三条)
3)外商投资的公司解散事由出现以后，公司未在《公司法》规定的期限内成立清算委员会进行清算，债权人也不向人民法院申请指定清算委员会进行清算的，外商投资的公司的权力机构、股东、债权人可以根据《外商投资企业清算办法》的规定向审批机关申请进行特别清算(《关于外商投资的公司审批登记管理法律适用若干问题的执行意见》第22条)。
2 成立清算委员会。
企业进行特别清算，由企业审批机关或其委托的部门组织中外投资者、有关机关的代表和有关专业人员成立清算委员会。(《办法》第三十六条)
清算委员会设主任一人，由企业审批机关或其委托的部门指定。特别清算期间，清算委员会主任行使企业法定代表人的职权，清算委员会行使企业权力机构的职权。
清算委员会处理有关清算的事务，向企业审批机关报告工作。(《办法》第三十七条)
3 清算委员会的工作
1)召集债权人会议。清算委员会可以召集企业权力机构会议和债权人会议，商讨有关清算的具体事项。
债权人会议由清算委员会负责召集。清算委员会应当自债权人会议召开的15日前书面通知债权人。债权人不能出席债权人会议时，应当书面委托代理人出席会议。(《办法》第四十条)
债权人会议行使下列职权：
(一) 审查债权人提供的有关债权的证明材料以及债权数额和担保情况;
(二) 了解债务清偿情况，就清算方案和债务清偿情况向清算委员会提出债权人意见。(《办法》第四十一条)
2)制定清算方案和清算报告。
清算委员会应制定清算方案和制作清算报告。清算委员会制定的清算方案和制作的清算报告须经企业审批机关确认。(《办法》第四十二条)
3) 清算委员会其他工作适用普通清算程序中清算委员会的工作。(《办法》第四十三条)
