子公司应当单独计算应纳税额，在注册地缴纳税款，并适用按月（或季）预缴、年底汇算清缴的规定。设立为分公司后，在企业所得税的征管上执行跨地区汇总缴纳企业所得税的规定。
相关的企业所得税审批、备案事项，子公司自行收集整理资料，向当地所得税主管税务机关申请。分公司应由总机构收集整理资料，并向总机构所在地所得税主管税务机关申请。
增值税上，根据《增值税暂行条例》的规定：固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税；总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。因此，无论设立成子公司还是分公司，都需在机构所在地缴纳增值税。其他地税，如房产税、土地使用税，均需在资产所在地纳税；而个人所得税也应在企业生产经营当地缴纳。因此，无论设立成子公司还是分公司，对项目所在地的地税基本不产生影响。
分公司是总公司下属的直接从事业务经营活动的分支机构。虽然分公司有公司字样，但它不是真正意义上的独立的公司，分公司不是独立的法人，没有独立的法律地位。因为分公司不具有法人资格，不具有独立的法律地位，不独立承担民事责任，他的民事责任由总公司承担。
子公司，子公司是与母公司相对应的法律概念。子公司是一个新的公司，具有独立的法人资格，可以独立承担民事责任，这是子公司与分公司的重要区别。母公司一般拥有子公司较多的股份，对子公司事务的拥有决定权。子公司受母公司的实际控制。有的母公司不占有子公司绝对控股的地位，股份比例较少，但是母公司通过订立某些特殊协议而使子公司处于母公司的实际支配之下。
《中华人民共和国企业所得税法》第五十条
除税收法律、行政法规另有规定外，居民企业以企业登记注册地为纳税地点；但登记注册地在境外的，以实际管理机构所在地为纳税地点。
居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。
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