1.关于何时适用司法强制何时适用行政强制的规定模糊不清，导致滥用行政强制权力进行拆迁的现象十分普遍。《条例》第16条规定：“拆迁人与被拆迁人或者拆迁人、被拆迁人与房屋承租人达不成拆迁补偿安置协议的，经当事人申请，由房屋拆迁管理部门裁决。”第17条规定：“被拆迁人或者房屋承租人在裁决规定的搬迁期限内未搬迁的，由房屋所在地的市、县人民政府责成有关部门强制拆迁，或者由房屋拆迁管理部门依法申请人民法院强制拆迁。”
从本条与第15条的延续关系来看，《条例》将是否订立和达成补偿安置协议作为能否适用行政强制拆迁的标准，这种划分很不科学。《条例》第15条将拆迁人和被拆迁人通过仲裁和司法解决纠纷的途径限定为“拆迁补偿安置协议订立后”，那么，在拆迁人和被拆迁人不能就安置补偿问题达成协议时能否通过司法途径来解决呢?这样规定事实上形成了法律空白，在客观上造成大量拆迁纠纷都只能以行政裁决的方式来解决，最终通过行政强制来执行。笔者认为，应当根据拆迁建设项目的性质来决定能否适用行政强制的方法实施拆迁。只有区分商业性开发建设项目和公益性开发建设项目，并对两类建设项目分别采用司法强制和行政强制的手段才能充分保护被拆迁人的利益。在商业性开发建设项目中，要充分实行意思自治，按照市场规律来操作，拆迁人与被拆迁人之间完全按普通的民事关系来对待，双方地位平等，不能厚此薄彼。
商业性拆迁中，政府不应对拆迁人和被拆迁人之间如何进行补偿安置有过多干预，更不能适用行政强制的手段来实施拆迁。将行政强制拆迁的范围局限在公益性建设项目之内，可以有效地保障被拆迁人的利益，也有利于扼制实践中拆迁人肆意损害被拆迁人利益的势头，而在法理上，强制拆迁行为的法律关系也会变得十分清晰。
2.行政强制权力运用过多而司法强制权力运用不足，政府在房屋拆迁管理中的定位有失偏颇。《条例》是一部以“加强城市房屋拆迁管理” 为立法目的的行政法规，其中对政府部门的职权规定较多无可厚非。但是《条例》并没有对以行政强制手段进行拆迁的范围作任何限制，这样，等于是在条例适用的一切范围内，包括在城市规划区内国有土地上实施的纯商业性房屋拆迁行为，都可以适用行政强制手段。从《条例》第15条和第16条规定来看，只要拆迁人和被拆迁人达不成补偿安置协议的就可以，事实上是只能通过行政机关裁决的方式来解决争议。这样，即便是纯粹商业性的开发建设项目，政府有形之手也毫不例外地伸了进来。这与市场经济条件下，政府侧重服务与协调的角色甚不相容。从功能上来看，行政权力的运用有利于调控规划和提高运作效率，的确有其优越的一面，行政权的扩大适用甚至还是现代社会的一种趋势。
但是扩张的行政权力随时都有可能造成对相对人利益的损害并滋生腐败，必须通过立法将其局限在有限的范围内。正是由于行政机关裁决的范围太过宽泛，所以才导致在房屋拆迁领域内，只能听到政府的声音而看不到法院的影子。而商业性建设项目的拆迁人也正好利用地方政府追求政绩，急于求成的心理，“拉大旗作虎皮”甚至勾结买通行政官员，使行政权力成为为私人利益服务的工具。就一般的拆迁行为而言，其实质是一种私法意义上的履约行为，而非行政法上的行为;其本质是卖方处分自己的土地使用权和房屋所有权，因此行政机关不应该过多地介入。
3.对政府和拆迁人的利益保护较多，而对被拆迁人的利益严重漠视。《条例》第1条规定：“为了加强对城市房屋拆迁的管理，维护拆迁当事人的合法权益，保障建设项目顺利进行，制定本条例。”该条将“保障建设项目顺利进行”列为立法目的，这在客观上是在保障拆迁人的利益，事实上也是要求被拆迁人当然地为项目顺利进行作出牺牲，这在民法原理上是讲不通的。被拆迁人的利益只有在为了公益目的的时候，其让步才是合理的，而这里显然并没有做出这种区分。对拆迁人而言，项目完成的越快，其市场风险就可能越小，其收回投资的时间越早，或者其利用建设项目的时间就越早，其利益显而易见的。
而对于被拆迁人特别是那些放弃回迁的被拆迁人而言，则未必有益。《条例》第15条规定：“拆迁补偿安置协议订立后，被拆迁人或者房屋承租人在搬迁期限内拒绝搬迁的，拆迁人可以依法向仲裁委员会申请仲裁，也可以依法向人民法院起诉。诉讼期间，拆迁人可以依法申请人民法院先予执行。”该条的规定也是为了维护拆迁人的利益而规定的。本条仅把“拆迁补偿安置协议订立后”作为强制拆迁的前提条件，是不能保证作为弱者一方的被拆迁人的。因为订立了该协议并不意味着当事人事实上履行了该协议。如果拆迁人只承诺给予被拆迁人以补偿安置，而未有履约行为，则被拆迁人可能既失去了现有的房屋，又未得到应当得到的房屋，在这种情况下，进行先予执行，会使被拆迁人完全处于被动受控制的地位，无法与拆迁人讨价还价以实现自身的利益。这也是目前拆迁纠纷中普遍存在的一个问题。从理论上来讲，拆迁人未实施补偿安置而对被拆迁人先予执行，就等于是剥夺了被拆迁人同时履行抗辩的权利，与民事合同的规则是相违背的。这在商业性建设开发项目的拆迁中更加显出其不合理性。
《条例》第16条第2款规定“拆迁人依照本条例规定已对被拆迁人给予货币补偿或者拆迁安置用房、周转用房的，诉讼期间不停止拆迁的执行。”该款更是体现了条例以保障拆迁人利益为中心的思想，为拆迁人肆意损害被拆迁人的利益埋下了祸根。由于没有对适用范围做严格界定，事实上开发商在所有建设项目遇到阻碍时都可以通过此条款来先予执行，处于弱势地位的被拆迁人根本没有讨价还价的余地。笔者认为，在商业性开发建设项目中，拆迁人和被拆迁人没有就补偿安置达成一致，项目就不能开工，不能使用先予执行的手段。条例应当将此项规定局限在公益性建设项目的范围内才具有正当性。
