财政部和国土资源部联合下发《用于农业土地开发的土地出让金收入管理办法》。该《办法》已于2004年1月1日起实行。
《办法》规定，土地出让金用于农业土地开发的比例，由各省、自治区、直辖市及计划单列市人民政府根据不同情况，按各市、县不低于土地出让平均纯收益15%的比例确定。
从土地出让金划出的农业土地开发资金计算公式为：从土地出让金划出的农业土地开发资金= 土地出让面积×土地出让平均纯收益征收标准(对应所在地征收等别)×各地规定的土地出让金用于农业土地开发的比例(不低于15%)。
土地出让平均纯收益征收标准是指地方政府出让土地取得的土地出让纯收益的平均值。标准由财政部、国土资源部根据全国城镇土地等别、城镇土地级别、基准地价水平、建设用地供求状况、社会经济发展水平等制定和联合发布，并根据土地市场价格变动情况适时调整。
《办法》调整了现行政府预算收入科目，将“基金预算收入科目”第85类“土地有偿使用收入”下的“土地出让金”取消;增设“用于农业土地开发的土地出让金”，反映从“土地出让金财政专户”中划入的用于农业土地开发的资金;增设“其他土地出让金”，反映从“土地出让金财政专户”中扣除划入农业土地开发资金专账后的土地出让金。
《办法》要求，市(地、州、盟)、县(市、旗)国土资源管理部门根据办理的土地出让合同，按季统计土地出让面积送同级财政部门，同时抄报省级国土资源管理部门、财政部门。
根据《办法》规定，各市(地、州、盟)、县(市、旗)专账将获得不低于70%的农业土地开发资金，其余部分(不高于30%的农业土地开发资金)将缴入省国库用于农业土地开发的土地出让金收入专账。
《办法》还要求加强对用于农业土地开发的土地出让金收缴的监督，保证土地出让金专户资金优先足额划入用于农业土地开发的资金专账。
