1、两者的定义不同
建设用地使用权是指在国家或集体所有的土地上建造并经营建筑物、构筑物及其附属设施的权利；宅基地使用权指的是农村集体经济组织的成员依法享有的在农民集体所有的土地上建造个人住宅的权利。
2、两者的使用主体不同
宅基地使用权是村民在集体经济组织内部享有的权利，非本集体成员并不享有宅基地使用权；建设用地使用权对主体并没有限制。
3、两者的土地权限不同
宅基地使用权人使用的土地只限于农村集体土地；根据《物权法》第十二章第一百三十五条的规定：“建设用地使用权人依法对国家所有的土地享有占有、使用和收益的权利，有权利用该土地建造建筑物、构筑物及其附属设施。”建设用地指的是国家所有的土地。
4、两者取得的费用条件不同
宅基地使用权的取得是无偿的；建设用地使用权的取得大部分情况下都是有偿的，需要交纳土地使用费，只有在划拨的情况下不用交纳。
《关于加快推进农村集体土地确权登记发证工作的通知》确定了依法依规、便民高效、因地制宜、急需优先和全面覆盖原则，即必须严格依据法律法规和政策规定推进；坚持将便民、利民、护民要求贯穿全过程，同时尽可能提高效率；在中央有关文件总体要求下，允许各地根据自身条件，在满足维护农民土地权益和管理需要前提下，进一步细化政策；对开展综合整治和需要流转的农村土地，优先进行登记发证，为整治和流转提供条件；尽快完成综合改革实验区、农村承包经营权登记试点地区、城乡接合部等土地确权登记发证，满足改革发展和稳定需要。全面覆盖原则即农村集体土地所有权确权登记发证应覆盖到全部农村集体土地，包括林地、草地等。
《通知》要求强化证书应用，明确规定实行凭证管地用地制度。要求凡被征收的农村集体所有土地，在办理征地手续之前，必须完成农村集体土地所有权登记，在征地拆迁时，要依据农村集体土地所有权证或农村集体土地使用证进行补偿；凡是进入市场流转的经营性集体建设用地使用权，必须经过确权登记，做到产权明晰、四至清楚、没有纠纷，没有经过确权登记的集体建设用地使用权一律禁止流转；农用地流转需与集体土地所有权确权登记工作做好衔接，确保承包地流转前后的集体所有性质不改变，土地用途不改变，农民土地承包权益不受损害；对新农村建设和农村建设用地整理涉及宅基地调整的，必须以确权登记发证为前提。
为充分发挥农村集体土地确权登记发证工作成果在国土资源管理各个环节的基础作用，《通知》提出，农村集体土地确权登记发证与集体建设用地流转、农村土地整治、农用地流转、土地征收等各项重点工作挂钩。凡是到2012年底未按时完成工作的，农转用、土地征收审批暂停，农村土地整治项目不予立项。
十八届三中全会《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》发布，《决定》指出要建立城乡统一的建设用地市场。
建立城乡统一的建设用地市场。在符合规划和用途管制前提下，允许农村集体经营性建设用地出让、租赁、入股，实行与国有土地同等入市、同权同价。缩小征地范围，规范征地程序，完善对被征地农民合理、规范、多元保障机制。扩大国有土地有偿使用范围，减少非公益性用地划拨。建立兼顾国家、集体、个人的土地增值收益分配机制，合理提高个人收益。完善土地租赁、转让、抵押二级市场。
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