《中华人民共和国土地承包法》2003年3月1日施行，我国大部分地区第二轮承包（亦称二轮延包）已经结束，农业部《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》2004年1月1日起正式施行，但由于已经取得的《承包经营权证书》仍为有效，故审判实践中，仍然常常会遇到一方的合法承包经营权与相对方的《承包经营权证书》发生冲突的现象。
究其原因主要为农业部《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》正式施行前，证书的发放没有具体、统一的操作规范，证书的发放仅停留在政策引导的层面，证书的填写人员没有经过专业的技能培训，尚没有引起有关部门足够的重视。
承包经营权证书的发放存在不统一、不规范的现象，通行做法是由人民政府先发放带有人民政府印章的空白经营权证书由村委会代为填写，四至填写不清、少填或不填部分承包田、填写错误的则直接在证书上予以涂抹和更改、家庭承包方式取得和承包经营流转取得的承包田不作区分、承包土地转让或互换的，证书上没有反映或反映错误、与登记机关的土地清册不符、人民政府印章覆盖不全等等，证书填定的随意性很大，没有按《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》规定的程序进行，不能体现登记机关的审查职能，不能全面准确反映人民政府的真实意志。
《承包经营权证书》是承包农户取得承包经营权的重要依据，但承包经营权的取得不以《承包经营权证书》为前提条件，承包经营权自承包合同成立时取得，《承包经营权证书》应与承包合同、土地清册相一致。在涉农家庭承包纠纷案件中，《承包经营权证书》作为当事人取得承包经营权的证明，是一种证明权利的凭证，仍是书证的一种，仍应受到人民法院必要的审查。一般情况下，《承包经营权证书》与土地清册及二轮承包时签订的承包合同内容相一致，应确定《承包经营权证书》的效力。但如果有证据证明《承包经营权证书》存在不实之处，应根据案情确认其证明效力。
《承包经营权证书》与《土地清册》内容不一致时，一般应按照登记机关《土地清册》内容为准。《土地清册》、《承包经营权证书》与二轮承包时签订的承包合同不一致时，要考查承包经营权的流转情况，如双方当事人不能提供合法的流转手续，登记机关亦没有合法的流转登记记载，应以二轮承包合同的成立确定承包经营权。《承包经营权证书》经过涂改、与土地清册不符、与承包合同成立不符而没有合法的流转手续等明显违法情况的，法院可直接认定其没有合法来源依据而不予采信。承包方可凭生效判决书要求人民政府补发承包经营权证书，亦可凭生效判决书要求人民政府撤销相对方违法的承包经营权证书。
颁发《承包经营权证书》的前提是对承包合同已经成立、取得承包经营权的确认，而人民政府对承包合同是否已经成立、是否已经实际取得承包经营权仅有形式审查的职能，不具有从实体上审查承包合同是否已经成立的实质审查权，所以人民政府颁发《承包经营权证书》的行为是羁束行政行为，行政机关没有自由裁量权。如果先由人民政府撤销《承包经营权证书》，人民政府仅能对部分因程序违法而错误颁发的《承包经营权证书》予以纠正，但对实体内容违法因没有处理承包合同的职权而陷入尴尬的局面，先民后行的处理方式是解决内容违法《承包经营权证书》的理智选择。
部分案件，承包方亦可以行政机关程序违法为由提起行政诉讼，要求撤销相对方的《承包经营权证书》。
所以，在涉农家庭承包经营纠纷中，只要承包方在二轮承包中取得了二轮家庭承包经营权，承包方的家庭承包经营权与相对方的《承包经营权证书》发生冲突，不是真正意义上的权属冲突，应归于土地侵权纠纷、土地流转纠纷、代耕代种纠纷等，不应归纳到土地使用权纠纷的范畴而裁定由人民政府处理。承包方可选择行政途径要求人民政府撤销相对方的《承包经营权证书》亦可以直接通过民事诉讼确认自己取得了家庭承包经营权。在民事诉讼中，人民法院应直接确定承包方或相对方的家庭承包经营权。
