根据我国《土地管理法》第16条的规定，土地使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。农村土地承包经营权属于土地使用权的一种，因此政府有权对农村土地承包经营权进行处理。
《土地管理法》第16条没有明确规定政府对农村土地承包经营权权属争议有确权的法定职权，而且《土地管理法》调整所有的土地管理关系，是土地管理方面的普通法，而《农村土地承包法》是专门调整农村土地承包经营的法律，因此，二者之间是特别法与普通法的关系。根据法律适用“特别法优于普通法”的原则，在调整农村土地承包经营管理纠纷时，应优先适用《农村土地承包法》。
《农村土地承包法》第51条规定：“因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解解决。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。”可见，乡镇政府对农村土地承包经营权争议，只有调解的权力，没有确认权属的权力。
根据《农村土地承包法》第22条规定：“承包合同自成立之日起生效。承包方自承包合同生效时取得土地承包经营权。”可见，农村土地承包经营权来源于农村土地承包合同，它是一种合同授权。虽然村民有和村集体经济组织签定土地承包合同和参与土地分配的表决权，但它只是一种资格权，并不是实际的土地承包经营权。村民要获得农村土地承包经营权，必须与村集体经济组织签定农村土地承包经营合同。
《农村土地承包法》第23条规定：“县级以上地方人民政府应当向承包方颁发土地承包经营权证或林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权”。这种登记行为是一种行政行为。
从农村土地承包经营权权利的来源和登记的性质和作用来看，农村土地承包经营权权属争议的实质是合同纠纷或合同侵权纠纷，政府无权对农村土地承包经营权权属争议进行确权。那么，农村土地承包经营权权属争议怎样解决呢？从司法实践中来看，农村土地承包经营权权属争议发生的原因，要么是“一地二包”，要么是登记错误。对于“一地二包”，当事人可以要求发包人（村集体经济组织）协调解决，或通过仲裁或民事诉讼的途径确定合同的效力，以合同的效力确定权属的归属；对于登记错误的，当事人可以提起行政诉讼，要求登记机关予以纠正。
