1. 有关土地征收程序的立法比较简单、粗糙，在许多具体的制度设计上存在漏洞。具体表现在：（1）土地征收目的合法性审查没有纳入程序中。土地征收目的必须合法，必须是为了公共利益需要才能征收土地，这是国际上通行的原则，亦为我国法律所接受。但这一原则在实施过程中却受到了严重扭曲，表现在：一方面，我国对公共利益的界定不够明确；另一方面，公共利益在程序上没有保障，审批程序中没有征地目的合法性的专项审查，在征地公告中也没有征地目的合法性的专门说明。这样的一个直接后果是无论在实际操作中还是在观念上都淡化了对征收土地目的合法性这一基本前提的重视，导致一些经营性用地也采用征地方式，从而严重侵害了集体土地所有权和土地承包经营权。（2）缺少对行政机关的监督机制。在我国，行政机关既是土地征收的决定者，亦是执行者，处于绝对优势地位，必须严加监督，防止权力滥用，但我国现行土地立法并没有规定必要的监督机制。如在征地范围的决定权、征地审查权、赔偿方案确定权等方面都只规定由行政机关自主决定，具体实施，缺少对行政机关的必要监督，导致行政机关既当运动员又当裁判员，容易侵害集体和个人的合法权益，也会带来行政权力的泛滥。
2. 土地征收程序中对被征收者的保护不足。这主要表现在几方面：（1）土地征收程序透明度和公示性不够。如在补偿方案的确定上，是由政府自己核准并实施的，实难保障征收程序的公示性，难以避免暗箱操作行为的发生，因而难以保障被征收者的利益获得公正的保护。（2）被征收者在土地征收过程中缺乏表达自己意见的机会。整个征地过程中，被征收者都处于比较被动的局面。《土地管理法》第四十八条规定，征地补偿安置方案确定后，有关地方人民政府应当公告，并听取被征地的农村集体经济组织和农民的意见，但既然征地补偿方案已经确定，被征地者的意见所起的作用是微乎其微的。除此之外，被征地者在征收的目的性、征收的范围等方面都没有表达自己意见的机会。（3）对被征地者的救济措施规定不足。根据《土地管理法》及其《实施条例》的规定，被征地者在征地范围、补偿标准等方面存在争议的，由县级以上地方人民政府协调；协调不成，由批准征地的人民政府裁决，并没有规定其向司法机关获得救济的权利，这样的救济措施是远远不够的。对于土地征收出现争议时的行政和司法救济措施，现行立法缺乏明确全面的规定。
