农村土地确权有纠纷时，政府有具体的处理流程为：
１、向县级以上人民政府土地管理部门或者乡级人民政府提出书面申请；
２、双方当事人出示举证的材料和依据；
３、工作人员现场调查材料和取证；
４、组织双方当事人进行调解，制作书面调解书；
５、调解未达成协议的，或者调解书送达前一方或者双方反悔的，土地管理部门及时提出处理意见，报人民政府错处处理决定。
具体规定：《土地管理法法》第十六条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
确权机关是指依法有权确定土地所有权和使用权归属的行政机关。依照我国《土地管理法》第十六条的规定，确权的权利主体为乡级或县级以上人民政府，也就是说只有乡级或县级以上人民政府才具有确认所有权和使用权的权力。主管是指确定土地所有权和使用权的具体承办部门。土地管理部门做为人民政府的职能部门，具体承办确权工作，对确权的意见和建议，要报同级人民政府作出决定。
土地确权必须确定一些基本原则，这些原则应体现土地确权的精神实质，为正确界定土地权属指明方向，并在整个土地确权中始终起指导作用。尊重历史，面对现实的原则；有利于生产和生活，有利于社会稳定的原则；政策和法律并用原则；分阶段、区别不同情况处理原则；权利设定一般法定原则。
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