土地是农民最基本的劳动对象和经营基础，保障农民的土地财产权利是保障农民权益的一个重要方面。近年来，随着我国工业化、城市化进程加快，大量农民集体用地经由征用转为国家建设用地，但由于现行土地征用制度基本形成于计划经济时代，其不适应性和滞后性日益彰显，在现实中表现出一系列制度绩效低下的问题。当前，建设社会主义新农村，必须稳步推进征地制度改革，保证农民在以土地开发为先导的地区经济发展进程中分享收益。
现行土地征用制度及一二级土地市场交易制度的根本缺陷在于：对初始产权主体的相关产权保障存在结构性缺失
在社会主义市场经济条件下，土地是农民生存权与发展权的前提，是其作为独立的市场主体参与市场竞争、提高土地产出、创造财富的基本要素，国家通过行使行政权“征用”农民承包经营的土地，实质上是以“征用”的形式限制或低价征收了农民集体经济组织与农民的相关产权。
从农民产权地位看，国家征用土地后，集体经济组织的法律地位、产权状况发生根本变化，农民集体经济组织与农民的相关产权，即农民的土地资本产权（主要指土地肥力级差）、植物（生物）性产品产权、新型物质性产品（房屋、工作物、地上出产的作物）产权、土地发展权“四类产权”的补偿并不直接由国家承担，其相关产权难以等价实现。
从用地单位看，其取得国有土地使用权的方式有两种：一是划拨取得。这是通过支付较低土地补偿费获得的，也就是用地单位代国家向农民集体经济组织与农民支付较低“四类产权”的补偿费用。这里隐含着对公益划拨用地的投资成本不是由国家以国民收入再分配形式转移支付的，而是由集体经济组织与全体农民的四项产权收益按市场均衡价格扣除后所作的隐形分摊，即对公益事业的划拨用地投资不是由全体国民分摊（公益事业税），而是由被征地农民集体经济组织与农民分摊。二是二级土地市场交易供地。其关键是土地所有者、监管者、营运者、使用者的产权权益不清、职责不明、监管不到位。
从被征地农民集体经济组织、农民与建设用地单位互动关系看，在土地划拨层面，农民集体经济组织、农民与用地单位之间实质上构成隐形的不对称的产权交易。在二级土地市场交易层面，用地单位向农民集体经济组织与农民支付了不对称的补偿性产权交易费，向国家交纳土地出让金及相关税费，这实质是农民集体经济组织与农民的四类产权交易收益被强制扣减后转化为国民收入。也就是说，二级土地市场土地交易收益仅仅是农民集体经济组织及农民四类产权被扣除部分的市场价值的折射反映。
土地划拨范围宽泛，给国家、集体与农民的相关产权权益带来损失，是农业同其他行业发展与分配差距急速拉大的产权制度缺陷之一
《土地管理法》第45条规定：“建设单位使用国有土地，应当以出让等有偿使用方式取得；国家机关用地和军事用地，城市基础设施用地和公益事业用地，国家重点扶持的能源、交通、水利等基础设施用地，法律、行政法规规定的其他用地可以划拨取得。”为此，国土资源部发布了《划拨用地目录》，主要包括12类，共141项。
从党政机关和人民团体用地看，其划拨用地背后存在的大量隐形产权交易收益的地方化、部门化和向个人福利化倾斜，引发了机关、企事业单位和垂直行业的仿效攀比，形成了房地产等相关产权交易流转获取暴利等方面的“黑洞”现象，也造成了房地产领域产权交易因制度缺陷而腐败高发多发。
从城市公益事业行业用地看，农民及农民集体经济组织的土地产权收益一大部分随划拨地隐形地转移到了垄断性第三产业的相关行业，而其并未从这些行业的垄断利润持续高位增量收益中通过国民收入再分配———补贴的形式获得“反哺”，也就是说，第一产业以产权无偿或低价转移并作为垄断性第三产业“起飞”的发动因素，这些产业并未将垄断性高额利润的一部分以税收的形式初次分配交给国家，再通过再分配补贴“反哺”给失地农民与农业及农村。这就进一步拉大了第一产业同垄断性第三产业、农民同这些行业的资本所有者、资本持有利用者之间的“成本———收益”差距。从国家重点扶持的能源、交通、水利等行业用地看，这些行业通过国家无偿划拨或低价划拨土地而形成一笔恒定的生产要素产权或不动产产权，成为其行业发展、利润增长、职工个人收入增加的基本发动因素。而农民和农民集体经济组织同样未能从这些行业收益增量中获得产权损失的补偿，这就导致第一产业同第二产业比较收益差距拉大。[page]
建立“农民土地持有产权”制度体系，是改革与完善土地征用制度的前提与基础，也是实现农村现代化制度创新的关键
首先，要完善公有产权的结构体系，明确农民土地持有产权的法律地位。根据我国现阶段生产力极不平衡的发展状况，为了弥补农民在持有与利用土地层面产权主体方面的缺位，应当在坚持土地公有制及其公有产权的前提下，探索将农民集体土地所有权分离让渡为农民集体土地终极保有权与农民土地持有产权。即用“农民土地持有产权”替代具有债权性质的“土地承包经营权”，以此作为农村土地公有产权新的实现形式之一，并从法律制度层面予以确认、规范与调整。由此，土地公有产权的体系结构可包括：国家土地所有权，农民集体土地终极保有权以及相对应的农民土地持有产权。只有明晰国家、集体、农民三者相应的产权主体地位，并从法律制度安排上予以确认、规范和保障，明晰相互间的权利与义务关系，才能从产权制度层面落实农民在土地控制与利用方面的经济权利，使农民享有宪法、法律所赋予广泛的政治、文化、社会权利，与在土地控制利用层面等经济权利的一致性。
其次，明确土地征购制度的性质与目标模式。土地征用制度改革的目标模式是改传统的“公益目标模式”为“产权平等保护与公益目标相结合”的目标模式，即除战争、特大自然灾害、军事、国防特别重大情形与特别公益事业外，国家征调国有单位、农民集体组织，农民（农户）与其他建设单位的土地等生产要素产权，必须坚持两项原则，其一是确因特别公共利益所必需；其二是按照市场价值规律，规范交易、平等保护不同产权主体尤其是农民的产权权益，不因制度缺陷而无视农民的土地持有产权主体地位，损害农民的相关产权权益。只有这样，才能尊重农民的市场主体地位，平等保护农民的经济、政治、文化权益和发展权。第三，明确土地征购的补偿标准，规范土地产权交易市场体系。根据中国现阶段生产力发展状况，土地征购模式可选择“合理补偿型”。这包括：（1）要明确土地征购补偿的标准。其标准应包括地价含集体所有土地终极保有权价、农民土地持有产权价、青苗等地上附着物价、地上独立工作物或建筑物权价、农民持有土地肥力级差产权价、劳力安置补偿价与一定期限的土地发展权价。同时考虑不同地区与供求差异对征购价的波动影响程度，以此作为国家征购土地一级市场的均衡价格标准。（2）要完善价格评估认证体系。对土地价值评估与价格的确认，是一件十分复杂的专业工作，必须通过建立评估师资格、确认，评估与认证体系来保障。（3）国家土地征购一级垄断市场可以参照对土地评估机构评估提供的指导价格，确定合理的征购价格，由国家统一征购后，再在二级市场挂牌交易，除军事、国防、特大自然灾害等情形外，所有用地单位一律到二级市场竞标交易取得国有土地使用权。也就是通过制度创新，建立起划拨地、建设用地单位同被征购地集体、农民之间的“隔离带”；对政府垄断收购职能与垄断定价职能相对分离，通过评估中介对一级土地市场公开评估定价，准确标定被征购土地的现价。通过建立这两条“隔离带”，以有效防止土地所有者与划拨地单位、建设用地单位因征地的“寻租”、“机会主义”行为，政府主管部门滥用职权、腐败所导致的土地征用效率不高、土地资源破坏和农民相关权益遭受损失等。
第四，重新划定“公益划拨地”范围。对于除军事机关、非赢利性的教育、文化、卫生、社会福利设施等五类用地仍作为“公益用地”划拨外，其他“公益用地”、“建设用地”一律实行国家垄断征购与市场竞购，以根绝各级党政机关、团体以“公益”为由，盲目圈地，乱占耕地，搞“形象工程”、“政绩工程”，劳民伤财等问题。对于机关、团体就地拆除、翻新、改造、新建应层报国家或省级主管机关批准，防止公共财政支出向非生产领域倾斜。对于划拨用地单位和其他竞购用地单位，亦应缴纳公益事业税、国有土地使用税；如将公益性用地改为生产经营性用地，亦应征收国有土地使用所得税，或营业税、增值税等等，既从源头上遏制因土地征用、划拨、转让、利用引发的持续高发腐败现象，又增加国家财源，同时缓解“反哺”农业财力不足的困境。[page]
