根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第四条，农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。
可见，农民集体所有土地用于非农业建设的，才需要给使用权人发给土地使用证，发证机关为县级或者市级土地管理部门。
《集体土地使用证》办理程序
根据《土地管理法》及《土地登记规则》的规定，土地登记按照土地登记申请——地籍调查——权属审核——登记发证的程序办理。
1、土地登记申请书
2、土地使用权利人身份证或户口册复印件
3、土地使用的权属证明材料（政府行文）
4、初始登记颁发的土地证书
5、建设用地批准书（土地违法案件行政处罚决定书）
6、批准用地缴税费发票或罚款收据复印件 申请者提交以上资料后，国土资源所派员进行地籍权属调查，符合规定的在20个工作日内给予办理并报县级人民政府审查批准，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认使用权。
