1、工程质量缺陷不适用“出售质量不合格的商品未声明的”一年的短期时效，而适用一般诉讼时效为二年。
2、施工过程中出现的地基基础、主体结构以及竣工验收各阶段的施工质量缺陷争议，其诉讼时效自阶段质量验收发现缺陷或阶段质量验收未通过时起算；如质量缺陷争议已委托鉴定的，自鉴定单位出具鉴定意见后二年。
3、如合同约定发包人提出质量缺陷主张有除斥期间的，发包人在除斥期限届满未主张即丧失诉讼时效。发包人未经竣工质量验收或验收不合格便擅自使用工程，丧失主张一般部位和重要部位的诉讼时效，司法解释第13条对此有明确的规定。
4、工程交付使用后，发包人主张承包人的工程保修责任，诉讼时效根据工程不同部位的最低保修年限而定：
（1）工程一般部位即一般土建、装修和管道工程的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少２年的保修年限后二年；
（2）工程重要部位即有防水要求的屋面、墙面、卫生间的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少５年的保修年限后二年；
（3）工程主要部位即地基基础和主体结构的保修责任，诉讼时效根据工程设计的不同结构形式而定：
农村的砖木结构的房屋为不少于设计年限30年后二年；城市的砖和混凝土结构的房屋为不少于设计年限50年后二年；
城市的钢筋混凝土结构的房屋为不少于设计年限70年后二年，上述案件法律据此受理完全正确；城市的钢结构房屋为不少于设计年限100年后二年。
5、对承包人在缺陷责任期内应保修而未保修的责任，发包人的诉讼时效为缺陷责任期届满后二年。
程款纠纷案件有关确认时效和返还时效的特殊性。
1、承包人主张预付款、进度款，其诉讼时效为按合同约定的支付期限提出付款要求后二年。
2、承包人主张工程结算款，其诉讼时效自工程通过工程竣工质量验收、承包人提交竣工结算报告后二年，为发包人工程价款的确认时效，
如工程价款结算已经确定，自确认之日后二年为承包人的返还时效，如承包人送出工程价款结算报告，发包人在二年未确认结算款，承包人的返还时效最长为4年。
3、承包人主张签证、索赔增加的工程款，诉讼时效为提交签证、索赔资料后二年；如合同约定除斥期间的，除斥期间届满，当事人丧失时效。
1、诉讼时效的起算也即诉讼时效期间的开始，它是从权利人知道或应当知道其权利受到侵害之日起开始计算，即从权利人能行使请求权之日开始算起。行使请求权的前提是权利已经确定。工程款未结算，说明双方的权利义务还未确定，行使请求权的条件还不具备，诉讼时效还没有起算。工程结算后，双方的权利义务已明确，债权人对自己的权利是否受到侵犯可以做出明确的判断，因此，诉讼时效的起算点应是工程结算之日后。
2、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十八条规定“利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：
(1) 建设工程已实际交付的，为交付之日;
(2) 建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日;
(3) 建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日”。
按照该司法解释的规定，在工程没有竣工结算的情况下，诉讼时效应分三种情况有上述三个起算点。
3、《民法通则》第一百三十七条规定：诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。相对人从违约行为发生之日起就可以知道或应当知道权利被侵害，此时起计算时效，方便且符合民法通则的规定。如果同一债务分期履行的，按照《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》(法释〔2008〕11号)规定确定诉讼时效的起算点。第五条规定“当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间从最后一期履行期限届满之日起计算”。
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