建设工程纠纷案件中，常见的工程质量和工程造价司法鉴定收费，在《司法鉴定收费管理办法》均未作出规定。此类司法鉴定收费标准，依赖省级价格主管部门会同同级司法行政部门，根据当地实际情况确定价格管理相关规定。
法院入选名册资格控制、司法局登记注册公告行政许可、物价局的行政价格管理，最终对司法鉴定收费的控制，造成个别司法鉴定收费逐年增高，个别司法鉴定人员地位超越法院审判权力。
商品房鉴定的基本收费标准被鉴定的商品房面积超过起始价规定的面积标准的时候，先按起始价收费超过起始价计费面积的部分按每建筑平方米1.8～2.70元计收，两项收费之和就是这个房屋的安全鉴定收费。
司法鉴定费按照“谁主张，谁负担”的原则，一般由申请鉴定方在提出申请时或者在人民法院指定的期限内预交。双方均要求鉴定的，双方各预付一半。
同时，应注意：
1、当事人一方申请鉴定，但未在限定期限内缴纳鉴定费，或接到通知后未参加鉴定程序或未对鉴定意见进行质证的，视为对鉴定请求的放弃，应承担举证不能的后果，人民法院有可能以当事人另一方所提供的证据作为确定工程款的依据。在一审中放弃鉴定请求的一方不得在二审中以此为由主张一审程序违法。
2、一审期间，当事人双方均申请鉴定，一方因未预交鉴定费，人民法院未支持其鉴定申请，而鉴定结论最终根据另一方的申请作出的。二审期间，一审时未预交鉴定费的一方仍然有权以一审时根据另一方申请作出的鉴定结论的依据明显不足为由申请重新鉴定。
工程质量鉴定属于司法鉴定的范围，适用司法鉴定收费的有关原则。我国目前没有全国统一的工程质量鉴定收费标准，各地因经济等原因会有所差别。依据司法鉴定收费的原则，结合案件标的无价值的具体情况，还是可以计算出工程质量的鉴定费用。
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