合同法第五十八条规定“合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿”。对于建设工程施工合同而言，其特殊性在于合同履行的过程，就是承包人将劳动及建筑材料物化到建设工程的过程，即承包人付出了劳动，投入了资金，如施工企业垫付的资金、机械设备使用费、人工费等。在施工过程中，上述财产只是从一种形态转化为另一种形态，其价值并未改变，并已全部转移到新的建筑工程之中。基于这一特殊性，合同被确认无效后，发包人取得的财产形式上是承包人建设的工程，实际上是承包人对工程建设投入的劳务及建筑材料(工程价款)，故承包人理应得到合理补偿。但因无法适用返还财产的方式使合同恢复到签约前的状态，故只能按照折价补偿的方式对无效合同予以处理。折价补偿首先应确定建造的建筑产品是否有价值，没有价值就不补偿，只能按过错赔偿损失。工程是否经竣工验收合格是衡量建筑物是否有价值的标准。验收合格一般应以建设行政主管部门的质量评定机构作出的认定为准。对其认定，当事人可以提出异议，如果提出的异议理由充分，应当支持当事人重新评定的申请，并依据重新评定的结果，作为认定建设工程质量是否合格的参考。经验收合格的工程包括工程竣工后验收合格和正在建设中的工程经阶段性验收合格的工程。
1、合同无效但工程竣工验收合格的处理。根据建设工程司法解释》第二条的规定：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求按照合同约定支付工程价款的，应予支持”。该司法解释并没有规定建设工程验收合格的，可以按照有效处理，而是确定建设工程施工合同无效，但验收合格的，对结算等条款可以比照有效处理，发包人应参照合同约定支付工程价款。在合同无效的情形下，参照合同约定支付工程款，这虽然与法理和现行法律有关无效合同的处理原则不尽一致，但这种处理方式符合签约当事人的真实意思，有利于保障工程质量，也有利于案件的审理，平衡当事人之间的利益关系，有助于取得良好的社会效果，也便于法院把握裁量标准，减少当事人诉累。因此，在有约定工程验收合格的情况下，合同无效不影响结算条款的效力，当事人不得以合同无效为由申请鉴定。
虽然参照合同约定支付价款是处理合同无效，工程经竣工验收合格时发包人支付价款的一项基本原则，但在合同未约定工程价款或按照合同约定无法计算工程款时，如未完的工程，或者工程大规模改变设计的情况下往往发生这种情况。发包人和承包人就工程价款达不成协议的，经当事人申请，可以根据承包人的资质参照合同有效的标准通过鉴定来确定工程款的数额。
2、合同无效且工程经验收不合格的处理。
建设工程司法解释第三条规定：“建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：
修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；
修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持“，这一规定是以修复后的建设工程经竣工验收是否合格作为分界点，明确了折价补偿原则在合同无效、建设工程经竣工验收不合格案件中的适用：
(1)合同无效，验收不合格但可以修复的工程，工程价款可以合同约定的价款为基数，在此基础上，承包人应承担返修义务，发包人可以请求减少价款，但减少的价款应当以建设工程的修复费用为尺度，或者也可以要求承包人承担修复的费用，这种做法可以避免社会资源的浪费，平衡当事人之间的利益。
(2)对于经验收不合格，经过专业部门鉴定建设工程的质量缺陷无法通过修复予以弥补的，建设工程已经失去价值，只能铲掉重新建设，承包人要求支付工程款的，不予支持。这样可以严格制裁违法行为，保证工程质量，促进建筑市场健康有序发展。
至于建设工程是否有利用价值，能否予以修复，一般应由专业技术部门，如工程质量验收部门或者符合国家规定条件的质量评定部门作出认定。发包人在提出请求减少工程价款或者承包人承担修复费用的主张后，并不妨碍和影响发包人向承包人主张合同无效其受到损失的赔偿责任及缔约过失责任。如果发包人对工程质量缺陷具有过错，承包人可以就合同无效，请求发包人承担损失。但这一责任的承担应当在认定发包人过错程度的基础上做出判断。在法律有明确规定某方面的责任是承包人主要责任的情况下，发包人只能负次要责任。对于其承担责任的多少，应依据案件的具体情况及相关法律规定予以确定。
