工程结算审计是对施工单位在工程竣工或年度终了时，与建设单位所办理的工程价款结算的审计。其主要内容：（1）中间结算（含跨年）检查工程形象进度的工程量，施工产值和预算成本是否正确、真实、本期应结工程价款净值是否与本期实际完成的施工产值或结算价值，扣除预收工程款、抵扣备料款、甲方材料款以及其他应扣款后的余额相符；（2）竣工结算，应审查竣工质量验收、竣工决算的合规性，未完部分尾工预提费用的合理性以及双方经济往来是否清楚，有无违反结算纪律行为。
（1）做好审计前准备工作。熟悉竣工图、施工图和各种合同文件；了解审计范围和采用标准；明确采用单价和调整原则。
（2）选择合适审计方法，按相应内容计算。
由于工程规模不一，合同订立时间不一，施工企业不同，应对不同情况，采用不同审计方法进行审计。
（3）综合整理审计资料，并与业主和承包商交换意见，立案后编制竣工预算书。
竣工结算审计，可以消除高估冒算，排除不正当提高工程预算造价现象，也有利于业主和承包商加强经费核算，提高经济效益，加强竣工结算审计，也是审计单位十分重要的工作之一。
1、审核竣工结算编制依据
编制依据主要包括：工程竣工报告、竣工图及竣工验收单；工程施工合同或施工协议书；施工图预算或招标投标工程的合同标价；设计交底及图纸会审记录资料；设计变更通知单及现场施工变更记录；经建设单位签证认可的施工技术组织措施；预算外各种施工签证或施工记录；合同中规定的定额，材料预算价格，构件、成品价格；
2、审核工程量
（1）工程量是决定工程造价的主要因素，核定施工工程量是工程竣工结算审计的关键。审计的方法可以根据施工单位编制的竣工结算中的工程量计算表，对照图纸尺寸进行计算来审核，也可以依据图纸重新编制工程量计算表进行审计。
（2）审核材料用量及价差。材料用量审核，主要是审核钢材、水泥等主要材料的消耗数量是否准确，列入直接费的材料是否符合预算价格。材料代用和变更是否有签证，材料总价是否符合价差的规定等
（3）审查隐蔽验收记录。验收的主要内容是否符合设计及质量要求，其中设计要求中包含了工程造价的成份达到或符合设计要求，也就达到或符合设计要求的造价。
（4）审查工程定额的套用。主要审查工程所套用定额是否与工程应执行的定额标准相符，工程预算所列各分项工程预算定额与设计文件是否相符，工程名称、规格。
（5）审核工程类别。对施工单位的资质和工程类别进行审核，是保证工程取费合理的前提，确定工程类别，应按照国家规定的规范认真核对。
（6）审查各项费用的计取。建筑安装工程取费标准，应按合同要求或项目建设期间与计价定额配套使用的建安工程费用定额及有关规定。在审查时，应审查各项费率、价格指数或换算系数是否正确，价差调整计算是否符合要求。
（7）审查附属工程。在审核竣工结算时，对列入建安主体的水、电、暖与室外配套的附属工程，应分别审核，防止施工费用的混淆、重复计算。
（8）防止各种计算误差。工程竣工结算是一项非常细致的工作，由于结算的子项目多，工作量大，内容繁杂，不可避免地存在着这样或那样的计算误差，但很多误差都是多算。因此，必须对结算中的每一项进行认真核算，做到计等横平竖直。
3、审核施工企业资质
严格审核施工企业的资质，对挂靠、无资质等级及无取费证书的施工企业，应降低综合单价或审计确定综合单价及造价。
4、审核工程合同
工程合同审计是投资审计的一项重要内容，必须仔细查阅相关文件资料是否齐全、合法合规。
当双方对合同文件有异议时，国内合同按国内合同文件顺序解释，国际工程，按照FIDIC合同文件顺序解释，特别是按FIDIC条款订合同，索赔费用应重点审计。
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