一、司法鉴定时效问题
目前的工程质量司法鉴定是以现状为准去评判工程质量，而工程质量有部分是随着时间而变化的，也就是说现状评判不合格不能代表当时施工时不合格，因此有时无法去推断工程施工时的质量情况。权宜之计是，根据保修期进行判定，即若工程质量在保修期内的出现了工程质量问题，就可以按照工程质量施工验收标准进行判定，而不用考虑时间因素对工程质量的影响。
目前我国工程质量保修期限的约定有两个方面：一是双方约定正常使用年限;若没有约定，则根据国务院令《建设工程质量管理条例》关于建设工程质量最低保修期的规定。
二、工程质量司法鉴定与施工质量验收不同
施工质量验收属于过程检验，施工过程中随时进行检验批的抽样验收，最后对单位工程或分部工程质量做出整体评定结论;而司法鉴定属于现状检验，无法对施工过程进行鉴定。受检验批抽样比例和检测手段的限制，相当多的检验项目事后无法进行复查。因此鉴定时，应让委托方明确鉴定事项，针对检测手段不能达到的检测项目事先告知委托方。
鉴定意见的形式应为对是否符合标准要求，当需要对是否合格进行判定时，应慎重。判定不合格比判定合格要简单的多。这里面就存在一个问题，建设工程施工质量验收规范检验批的验收采用抽样方案，合格率控制在一定概率范围内。因此即使验收合格的工程也可能存在不符合规范的部位和项目。局部可能存在质量问题，而当事人(作为单独一户)提出的鉴定内容就可能不符合规范要求，但是不能据此说整个工程不合格。从工程质量司法鉴定的角度，可以判定某项问题不符合标准要求。
三、分清鉴定机构和法院责任，不可混淆二者的权限
工程质量司法鉴定机构作为中立的第三方机构，其法律地位决定了没有任何审判的权利。鉴定机构只是法院或法官的助手，起到专家证人的作用。只是从技术角度对工程质量进行判定，并且技术鉴定内容必须在法院委托范围内进行，不可超范围鉴定。鉴定机构仅从技术角度分析工程质量问题产生的原因，而不去评价工程责任问题，应由法院根据鉴定意见去审理判定。简而言之，鉴定人员是技术专家证人，应分清与法官的责任划分，且不可“以鉴代判”。
鉴定机构鉴定最终结果应表述为鉴定意见，而不可以称为鉴定结论。因为鉴定意见若在案件审理过程中被法院采信，则可称之为鉴定结论，最终的鉴定结论应由法院给出。
四、建设工程质量司法鉴定中其它专业方面的问题
目前的一般检测鉴定偏重于结构安全性的鉴定，而忽略了其它专业方面的鉴定事项，根据我们所做的司法鉴定案例总结分析，结构类鉴定案件量只占到总案件量的30%左右，结构类案件中严重影响工程安全性的案例占很少一部分。相比之下，涉及影响工程使用性鉴定的案例占多数，所占比率达到2/3，比如装修工程、防水工程、暖通工程、日照等是工程质量类鉴定中常见案件。建设工程质量司法鉴定工作有可能不是简单的某些专业工程的鉴定，而一个鉴定案例中涉及到多个专业问题，这就需要鉴定人员具有广阔的专业知识面和多学科知识背景。
五、鉴定委托与鉴定收费问题
目前，法院一般采取委托鉴定函和签订委托协议书的方式，与鉴定机构建立委托合同关系。但是在缴纳鉴定费的问题上，因为最高法明文规定法院不得代收鉴定费，所以鉴定费一般由鉴定缴费义务人(当事人)直接缴纳给鉴定机构，这就造成了委托人与缴费人不同的矛盾，因此，法院与鉴定机构之间的关系应视为一种特殊的合同关系。
六、委托及鉴定过程中的其他问题
在建筑工程质量司法鉴定实践过程中，有些法院在委托鉴定程序上不够规范。比如，以鉴定委托函代替司法鉴定协议书、委托鉴定内容表述过于简单、提供的鉴定资料不够详尽、当事人双方提交的图纸资料未经质证直接转交鉴定机构、法官不参与现场勘验工作等，给司法鉴定的实施带来了诸多不便。
