２０１９年以来，农业农村部组织有关方面对其进行修订，并广泛征求社会各界意见，不断完善后，２０２１年１月２６日，《农村土地经营权流转管理办法》经农业农村部２０２１年第１次常务会议审议通过，由农业农村部发布，自２０２１年３月１日起施行。
与原办法相比，新《办法》的“新”主要体现在三个方面：
一是落实“三权”分置制度，采用了新名称。按照集体所有权、农户承包权、土地经营权“三权”分置并行要求，新《办法》聚焦土地经营权流转，将规章名称修改为《农村土地经营权流转管理办法》，在依法保护集体所有权和农户承包权的前提下，主要就平等保护经营主体依流转合同取得的土地经营权，增加了一些具体规定，有助于进一步放活土地经营权，使土地资源得到更有效合理的利用。
二是贯彻加强监督管理要求，作出了新规定。新《办法》明确了对工商企业等社会资本通过流转取得土地经营权的审查审核具体规定，以及建立风险保障制度的要求，以更好地保障流转双方合法权益。
三是围绕强化耕地保护和粮食安全，补充了新内容。贯彻落实中央要求，新《办法》中强化了耕地保护和促进粮食生产的内容。
一是要求县级以上地方人民政府依法建立工商企业等社会资本通过流转取得土地经营权的风险防范制度。
二是鼓励各地建立多种形式的土地经营权流转风险防范和保障机制。如鼓励流转双方在土地经营权流转市场或农村产权交易市场公开交易，签订规范的流转合同，明确双方的权利义务；鼓励保险机构为土地经营权流转提供流转履约保证保险等多种形式保险服务，等等。
三是明确有条件的可以设立风险保障金。实践中，一些地方通过政府适当补助的形式建立了土地经营权流转风险保障金制度，取得了较好的效果。但考虑到各地差异较大，同时也避免增加经营主体负担，新《办法》不要求统一设立风险保障金，只是规定涉及整村（组）土地经营权流转面积较大、涉及农户较多、经营风险较高的项目可以设立风险保障金，但具体额度由流转双方协商。
《农村土地经营权流转管理办法》是为了规范农村土地经营权（以下简称土地经营权）流转行为，保障流转当事人合法权益，加快农业农村现代化，维护农村社会和谐稳定，根据《中华人民共和国农村土地承包法》等法律及有关规定而制定的法规。
２０２１年１月２６日，《农村土地经营权流转管理办法》经农业农村部２０２１年第１次常务会议审议通过，由农业农村部发布，自２０２１年３月１日起施行。
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