法院查封房产，但不告知登记机关的极为少见。即使不告知登记机关，如果被执行人不对被查封的房产进行处分，也不会有争议产生。即便有争议产生，如果登记机关没有为被执行人办理处分该房产的权属登记，争议也不会涉及登记机关。因而，这种争议的产生应同时具备以下3个条件：一是法院未将法律文书送达登记机关；二是被执行人违法处分房产；三是登记机关为其办理了权属登记。
法院未将法律文书送达登记机关，登记机关就无从知道应当协助执行的事项。在这种情况下为当事人办理权属登记，不应对房产被查封一事承担责任。但是对于被执行人来说，如果知道房屋被查封，而仍然对该房产进行处分，如转让或设定抵押，这种处分是无效的。
在这种情况下，对于承受房产的一方，一般也不能按最高人民法院法释 (2004)15号文中第十七条的规定处理：即承受房产的一方如果已经支付全部价款并实际占有，且对此没有过错，人民法院就不予查封。因为第十七条规定虽然用了“被执行人将其所有的需要办理过户登记的财产出卖给第三人”的字句，但是其中的“被执行人”在是指在进行房屋买卖时还不是“被执行人”，而是将成为“被执行人”；其中的“出卖给第三人”则是在房屋被查封前，双方已发生房屋买卖的民事行为。否则，该条后文就不会有“人民法院不得查封”的表述。
