按《物权法》规定，在集体土地上的房屋，其占用范围内的土地权利有的是建设用地使用权、有的是宅基地使用权。对建设用地使用权，《物权法》第一百四十七条已规定“建筑物、构筑物及其附属设施转让……，该建筑物、构筑物及其附属设施占用范围内的建设用地使用权一并处分”。因此，登记机构按人民法院的法律文书办理一般没有疑虑。但对于宅基地使用权则不同。
在《物权法》立法过程中，很多法学界人士和社会公众对宅基地使用权的转让和抵押受限制都持反对的态度，因为物权是支配权，不应设置限制条件。宅基地上的房屋应和国有土地上的房屋“同权”。但在现阶段，由于宅基地使用权承载着一定程度的社会保障的功能，《物权法》对宅基地使用权转让的规定还是区别于国有土地。在立法中留出的空间就是《物权法》第一百五十三条的规定：“宅基地使用权的取得、行使和转让，适用土地管理法等法律和国家有关规定。”即一是宅基地使用权并不是绝对的不准转让(《物权法》第一百五十五条也有“已经登记的宅基地使用权转让或者消灭的，应当及时办理变更登记或者注销登记”这一规定)；二是今后这一问题的解决并不一定要通过对《物权法》的修改。依据《物权法》的规定，《房屋登记办法》第八十七条规定了“申请农村村民住房所有权转移登记，受让人不属于房屋所在地农村集体经济组织成员的，除法律、法规另有规定外，房屋登记机构应当不予受理”。
人民法院的法律文书将集体土地上的房屋确定给城市居民，这属于前述的“法律、法规另有规定”。因为《物权法》规定了因人民法院的法律文书导致物权转让的，自法律文书生效时发生效力。再则，最高人民法院、国土资源部、建设部联合颁发的法发[2004]5号文第二十四条也规定了“人民法院执行集体土地使用权时，经与国土资源管理部门取得一致意见后，可以裁定予以处理”，“处理农村房屋涉及集体土地的，人民法院应当与国土资源管理部门协商一致后再行处理”。法院也不会随便地将集体土地上的房屋裁定给城市居民。因此，只要是人民法院的法律文书所确定的，登记机构可以受理。
