房地产抵押权登记的目的主要是为了“公示”，即避免不知情的第三人购买设有抵押权的房产或是再次设定抵押权，以保护公众的利益。这一点是房地产登记机关应承担的责任。登记机关的登记行为一般不会影响或干涉当事人的民事行为。因而，在抵押登记中，登记机关只要没有违法行为或虽由违法行为但该行为与财产损失并无因果关系的，登记机关不应承担赔偿责任。
设定房地产抵押权是当事人自己的民事行为，房地产抵押当事人伪造证据、印章进行登记后，登记机关是否要承担赔偿责任问题，要根据具体情况来确定。在订立主合同、抵押合同时，当事人有过错的(如抵押人提供虚假证据或银行将伪造的证据、印鉴视为真实的而与之签订合同)，应当各自根据其过错承担相应的民事责任。如果当事人在登记时使用伪造的权属证书而登记机关未能发现，或是登记机关自己向抵押当事人提供虚假证明，并由此而给抵押当事人造成直接经济损失的，除过错方应承担民事责任外，登记机关也应当承认相应的责任。
以抵押物价值的余额部分再次设定抵押在法律上是允许的，担保法第三十五条就规定了“财产的价值大于所担保债权的余额部分，可以再次抵押”。但是，如果是在不了解房地产已经抵押的情况下全额作了重复抵押，这种抵押(后一次抵押)显然是有问题的。登记机关核准某一抵押权登记后，应视为已经公示，而登记机关又全额为其再次办理抵押登记，则对此负有不可推卸的责任。
