由于房屋是重要的不动产，与之相关的交易活动极为普遍，因而房产证在交易活动中得到广泛的运用。但在目前的实务中，对房产证的认识与其性质相悖之处仍嫌较多，归纳起来主要有两类：其一，颠倒房产证和不动产登记簿的关系，以为房产证是证明房屋所有权的惟一合法凭证，登记簿只是房产证的档案。例如，在实务中判断一个人是否拥有特定房屋的所有权时，以为是否持有房产证就是根本依据。其二，混淆证书与证券的性质，以为房产证具有证券的性质与作用，可以代表其上记载的房屋所有权。例如，在房屋买卖中，以为房产证的交付具有房屋所有权移转的效力；或者在房屋抵押中，以为房产证交给抵押权人占有具有设定抵押权的效力。
按照我国现行的房屋所有权登记制度，房屋登记是城镇房屋权利归属的法定公示方法。在以房屋为标的物的交易活动中，以房屋为标的物的物权取得、设定、变动等，须经登记始发生物权法上的效力。所以，房屋所有权归属的确认须以登记簿上的记载为准。房产证作为一种证书，虽然可以证明房屋所有权归属于谁的法律事实，但其证明力的依据是其上记载与登记簿上的记载具有一致性。如果离开了不动产登记簿或与登记簿的记载不相一致，房产证在交易活动中就失去了对房屋权利归属的证明力，而只能成为向登记机关请求确权的证明文件。如果登记簿上未作变更，房产证自身任何单独的变更均不产生物权法上的效力。例如，在房屋买卖时，房产证的交付并不产生房屋所有权移转的效果，房产证受让人并不能以取得出卖人的房产证为由，主张其已经取得房屋所有权。房产证遗失后，房屋所有权人并不因此失去房屋所有权，权利人可根据登记簿的记载主张和行使权利，并可要求机关根据登记簿上的记载补发房产证。可见，房产证不能脱离登记簿的记载而发挥其证明作用。所谓“房屋权属证书是权利人依法拥有房屋所有权并对房屋行使占有、使用、收益和处分权利的惟一合法凭证”的规定，实际上颠倒了房产证和不动产登记簿的关系，误解了物权公示的原则、意义和适用规则。房产证也不具有代表房屋所有权的功能，这一点与证券大不相同。同是书面凭证，证书与证券在性质上的主要区别是：证书仅仅是证明法律事实的书面凭证，房产证作为权利证书，只能证明特定房屋所有权归属于谁，而不能代表其上记载的权利；证券不仅能够证明权利的归属，如当事人在诉讼中即使只有持有证券这一孤证，亦可充分证明其拥有证券上的权利， 而且还能代表其上记载的权利，移转交付证券即产生权利移转的效力。
当然，在与房屋有关的交易活动中，房产证还是能够起到一定的证明作用。但是，房产证所起到的只是初步的证明作用。在房屋买卖的缔约过程开始时，欲出卖房屋的一方出示房产证，可以初步证明自己是房屋所有权人，有关的缔约谈判可以据此展开。如果双方初步达成一致并且准备签订房屋买卖合同时，一方当事人不应只根据对方房产证的记载就与之订立合同，而应当到房地产主管机关查阅房屋登记簿，以了解对方是否为真正的房屋所有权人、该房屋上是否设定了抵押等情况，因为只有登记簿上的记载才是具有公信力的权利归属证明。在房屋买卖合同履行时，卖方向买方交付房产证，并不产生 房屋所有权移转的法律效果，必须在不动产登记簿上进行所有权主体的变更登记(即通常所说的“过户登记”)，才能产生房屋所有权移转的法律效力。严格说来，在房屋所有权移转过程中，房产证是不能随之移转的，房地产主管机关在进行过户登记之后，不应将卖方原先持有的房产证经变更记载后转交给买方，而应当将卖方原先持有的房产证收回，再向买方发放新的房产证。可见，在房屋交易过程中，房产证的证明作用是极为有限的，远不如生活中常见的其他一些证书，如身份证、毕业证、合同书等。当然，尽管房产证的交付不具有物权法上的效力，但在审判实践中据此判断是否存在债的关系方面，还是有一定的证明意义。例如，房产证的交付可以证明双方当事人之间可能存在房屋买卖合同关系，可以证明卖方有交付房屋所有权的意思表示；在涉及房屋抵押的交易活动中，抵押权人占有房产证可以证明抵押合同关系的存在等等。
