棚户区改造在实践上是要遵循一般征收拆迁的规则，所以补偿标准也是依据一般的征收法规。我国土地份两种类型，所以补偿标准也有两种。
如果征收区域属于国有土地，对被征收房屋价值的补偿标准应按照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定来执行。
在对国有土地上的房屋进行拆迁补偿时，需要先对房屋的价值进行评估，由相关的机构来完成，需要结合附近的商品房价格来制定补偿标准。
如果征收的区域尚属于农村集体土地，对被征收房屋价值的补偿标准应不低于“重置成新价＋区位补偿价”的一般宅基地上房屋补偿标准
按照《最高人民法院关于审理涉及农村集体土地行政案件若干问题的规定》第12条的规定：在对农村集体土地进行征收时，如果没有对被征收土地上的房屋及其他不动产进行安置补偿，补偿安置时房屋所在的区域已经被纳入城市规划区，土地权利人请求对国有土地上房屋征收补偿标准参照执行的话，人民法院应该予以支持，但应当把已经取得的土地补偿费扣除。
当然各地的补偿标准都不一样，所以具体计算补偿时要结合当地标准来看。
无论是国有土地上的房屋还是集体用地上的房屋，拆迁补偿方式主要为货币补偿和产权置换两种，当然也可以选择货币补偿和产权置换相结合的方式。
被征收人有权选择补偿方式，无论选择哪种方式，不降低原有生活水平是被征收人应当牢记的一个补偿原则。
目前整体方向来看，各地棚改更加侧重产权置换原地回迁，也就是倾向于以房换房，一般至少都是“拆一换一”，有些地方可能会通过提高此基础性比例来鼓励被征收人选择产权置换。
由于棚户区改造房属于安置房的一种，根据相关政策规定，这类房产在五年内不能买卖。期满，业主缴纳相关税费后，可申请办理房产证，拿证后的房产和普通住房没有差别，可正常买卖交易。
棚户区改造房的价格往往低于市场房价，算是福利性住房的一类，因此在买卖交易中，很少人会在未取得房产证的情况下，去购买这类房产，所存在风险实在太大，容易对自身利益造成影响。
棚户区改造房很难确权，需要漫长的一段时间，可办理房产证，但流程比较麻烦。因为它的性质、拿地的方式、产权的不同，所以不能按照同一种方法来处理。但可参照这些点来作出判断，若能提供产权证，就可进行房产交易。
但其中一部分的棚户区改造房是小产权房，也就是使用集体土地来建造的，这类情况的房产，个人往往无法办理过户，因为产权属于集体，只有房屋所有权属于个人，所以这类性质的房产不能正常交易买卖。
因此我们在购置房产的时候，尽量避免入手棚户区改造房，若要购置，一定要能出具房产证，这样才比较保证。因为能提供房产证的房子，才具有合法性，而没有产权的房屋，往往无法保障自身的权利。
另外棚户区改造房要买卖交易，应先办理房产证，而产权人必须是房屋的所有人，也就意味着需要过户处理。这样一来，时间比较长，需要办理诸多流程，耗费大量的时间。
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