在建工程和预购商品房贷款抵押在办理抵押登记时与房地产抵押不同，抵押人还没有房屋权属证书，登记机关也不向抵押权人发《房屋他项权证》。
在建工程抵押时，当事人应先签订抵押合同，该合同应载明：
1．《国有土地使用权证》、《建设用地规划许可证》和《建设工程规划许可证》的编号；
2．已缴纳的土地使用权出让金或需缴纳的相当于土地使用权出让金的款额；
3．已投人在建工程的工程款(数额)；
4．施工进度及工程竣工日期；
5．已完成的工作量和工程量。
抵押当事人在向登记机关申请登记时，应填写登记申请书，交验当事人的身份证件或法人资格证明；并提交必要的登记证明文件。
建设部在《简化房地产交易与房屋权属登记程序的指导意见》中规定，]以在建工程抵押时，应向权属登记机关提交的登记文件有：抵押合同、土地，使用权证书、其他有权设定抵押权的文件和证明材料(如经与原件核对一致的《建设用地规划许可证》和《建设工程规划许可证》复印件，以证明抵押人为该在建工程的合法所有人及土地使用权人)。
在建工程因为还不是房屋，不能进行房屋所有权登记。登记机关应当在当事人签订的抵押合同上作已登记的记载，但不发《房屋他项权证》。该合同登记机关应保留一份原件，连同其他登记文件一并保管以备查考。
抵押的在建工程在抵押期间竣工的，应在抵押当事人进行初始登记时，重新办理房地产抵押登记，此时再向抵押权人发《房屋他项权证》。
预购商品房贷款抵押在办理抵押登记时，其登记程序与在建工程基本相同，当事人在登记时应提供商品房预售合同，在核准登记后，登记机关只在当事人签订的抵押合同(不是商品房预售合同)上作已登记的记载，不发《房屋他项权证》。
预购商品房贷款抵押与在建工程抵押不同，房屋竣工时，大部分还在抵押期限内，因而，抵押人办理所有权登记时，如还在这一期限内，当事人应同时重新办理房地产抵押登记。
