为配合《中华人民共和国植物新品种保护条例》及UPOV公约的实施，我国先后制定了《农业植物新品种保护条例实施细则》、《农业部植物新品种复审委员会审理规定》、《农业植物新品种权侵权案件处理规定》、《农业植物新品种权代理规定》等规章制度；组建了植物新品种保护办公室和复审委员会，绝大多数省级农、林业行政部门成立了植物新品种保护工作领导小组和办公室；农业部植物新品种繁殖材料保藏中心；在植物新品种保护办公室内部还制定有《审查指南》等，从而使品种权审批、品种权案件的查处以及品种权中介服务等工作更具可操作性。
重点强化对省级农业行政管理部门的执法人员、种子管理站的工作人员、植物新品种保护中介机构的代理人员的培训，使他们了解植物新品种保护的相关法律、法规和规章，有利于植物新品种保护队伍整体素质的提高。同时，应当通过培训提高全社会尤其是科研、教学单位、政府农业管理部门、企业的知识产权保护意识，使他们对植物新品种保护制度的一个正确的认识。
农业植物新品种权的申请数量标志着一个国家或地区的农业技术创新的能力。在我国即将加入WTO的背景下，如果植物新品种申请保护的数量还没有提高的话，那么我国的育种开发和种子产业必将受到国外竞争力量的严重冲击。为此，应当进一步简化品种申请和授权的程序，加快审批、授权的速度，使申请人的合法权益得到及时的保护，如修订申请格式的版本，删除重复的内容；简化对农作物品种的数量性状的描述内容，要突出主要的性能和特点；根据不同生态类型和区域，选择适当的测试点以尽可能的降低测试的费用和工作量等。
我国植物新品种保护工作是由国家林业局和农业部两个部门来进行的。根据两部门在植物新品种保护工作上的分工，国家林业局负责林木、竹、木质藤本、木本观赏植物（包括木本花卉）、果树（干果部分）及木本油料、饮料、调料、木本药材等植物新品种保护工作。目前，我国对植物品种权的保护还仅限于植物品种的繁殖材料。对植物育种人权利的保护，保护的对象不是植物品种本身，而是植物育种者应当享有的权利。
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