旧《条例》第二十七条明文规定，凡已经办理登记的软件，在软件权利发生转让活动时，受让方应当在转让合同正式签订后3个月内向软件登记管理机构备案，否则不能对抗第三者的侵权活动。该条颁布实施时曾经在实践中引起争议：一种观点认为，软件转让合同如果在3个月内不予备案，则转让合同不发生法律效力，即使是已经实际履行的也不影响合同的无效;另一种观点则认为，软件转让合同虽然没有备案，但是在软件转让合同双方当事人之间转让已经发生法律效力，不过不能对抗第三人。
现行《条例》第二十一条对此的规定是，软件转让合同可以向国务院著作权行政管理部门认定的软件登记机构登记(国家版权局主管全国软件管理工作，国家版权局认定中国版权保护中心为软件登记机构。经国家版权局批准，中国版权保护中心可以在地方设立软件登记办事机构)，强调的是自愿登记原则。该规定的合理性表现在：
1、充分尊重当事人的意思自治，体现了国家对私权的尊重;另外从实际情况看，国家进行了几次的机构改革，原来的软件转让合同登记管理机构已几经转换;
2、减轻了政府相关部门的负担，符合入世后政府职能转变的大的趋势;
3、避免了司法部门在审理案件时因为软件转让合同是否生效而产生的分歧，有利于法制的统一。
故在实践中应当充分认识和掌握现行《条例》对软件转让合同登记已经由旧《条例》的强制登记改为自愿登记，准确把握软件转让合同是否登记本身并不影响该转让合同的效力。
1、软件的名称。软件名称是确定转让合同标的的基本依据，因此必须在合同中订立。
2、转让的权利种类、地域范围。权利种类是指复制权、发行权、翻译权等的原始权利。地域范围是指受让人享有权利的地域范围，一般是指中国还是其他国家或者地区。如果仅仅是中国的某一省区，则不认为是权利的转让，而是许可使用。
3、转让价金。价金是权利人行使权利的主要目的之一，是转让合同的重要内容之一。
4、交付转让价金的日期和方式。转让价金可以一次总付，也可以分期付款。
5、违约责任。违约责任是任何合同中的必备条款之一。
6、双方认为需要约定的其他内容。前五项是合同的基本条款，对于合同解释、纠纷解决方式、管辖法院等问题，往往也需要著作权转让合同当事人予以明确。尤其是对于涉外著作权转让合同，管辖法院条款尤为重要。
现行《计算机软件保护条例》第二十条规定，当事人转让著作权应当订立书面合同。故有观点认为，软件转让如果不签订书面合同，则一律无效。
首先强调的是：不反对在软件著作权转让时，强调签订书面合同的必要性。
因为软件著作权的转让合同较一般的转让合同更加复杂，理由是：
1、签订书面合同能够以书面的形式明确当事人双方的权利义务，防止不必要的纷争产生;
2、软件转让合同涉及转让的标的(是部分转让还是全部转让该软件)、转让的期限(短期还是永久转让该软件)、转让的价格及价金的支付(是一次性支付还是分期支付全部价款)和违约责任等内容，如果不用书面方式一般不容易明确，而且不利于转让合同的实际履行。
但是应当明确，是否采用书面合同来实现软件著作权的转让，属于当事人意思自治的范畴，完全属于私权。要求采用书面形式的法律规定，是基于防止争议和解决纠纷的需要，并且有利于软件转让合同的履行而进行的倡导性规定。至于当事人是否采用书面形式，与是否违约、是否履行合同一样均系其自由处分其权利的范围，由其自行承担责任，国家不宜过多干涉合同的订立。
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