一是概念不同。前罪是指违反国家商业秘密保护法规，侵犯他人商业秘密，给商业秘密权利人造成重大损失的行为，而后罪是指以非法占有为目的秘密窃取数额较大或多次盗窃的行为。
二是侵犯的客体和对象不同。前罪侵犯的客体是他人对商业秘密的专有权，对象则是商业秘密，而后罪侵犯的客体，则是公私财物的所有权，对象则是公私财物。
三是前罪客观方面表现为：①以盗窃、利诱胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密;②披露、使用或允许他人使用以前项手段获取权利人的商业秘密;③违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密;④明知或应知有前项所列对商业秘密的侵犯行为，仍对该商业秘密予以获取、使用或披露，从而给商业秘密权利人造成重大损失的行为，而后罪的客观方面则表现为秘密窃取公私财物数额较大或者多次盗窃公私财物的行为。
四是前罪的主体，既可以是自然人，又可以是单位，而后罪的主体仅限于自然人。
五是前罪是明知或应知自己的行为是侵犯他人的商业秘密，而仍对该商业秘密予以获取使用或者披露，而后罪是直接故意，并具有非法占有公私财物的目的。
从以上两个罪的不同点可以看出，这两个罪是不易混淆的。但是，当行为以“盗窃”方式侵犯商业秘密时，由于其行为方式与盗窃罪相似，在实践中，有时也就容易混淆。
