职能管辖在诉讼理论上又称立案管辖或部门管辖，是指公安机关(包括国家安全机关等)、人民检察院和人民法院之间，在直接受理的刑事案件范围上的分工。划分职能管辖的主要根据是公、检、法三机关在刑事诉讼中的职责分工和刑事案件的性质及其严重、复杂程度。职能管辖既是追究犯罪的司法权力在司法机关各部门之间的分配，又是司法机关各部门承担的追究犯罪、维护社会稳定的法定职责。
虽然《刑事诉讼法》和相关司法解释对刑事案件的职能管辖作出了较为具体的规定，但是这些规定仍然是原则性的、粗线条的。当前，由于刑事犯罪的复杂化和法律制度的不完善，致使因管辖权冲突产生的问题较多，直接影响到对犯罪的及时、有效的打击。在此笔者对职能管辖的某些问题发表一点己见，与各位同仁共同探讨。
2005年8月，笔者受理了本院反贪局侦查终结的犯罪嫌疑人田某某受贿案件，涉案金额为40余万元。犯罪嫌疑人田某某担任某有限公司进出口部副经理，负责进出口业务工作。自2004年3月至2005年4月，田某某利用其他货运公司为其公司代理出口货物运输业务之机，多次收受业务人员给予的回扣款。经过认真审查田某某所在公司的性质发现，田某某所在公司原先出具的证明其公司的注册资本全部为国有资本的材料中存在问题。事实上，该公司自成立之时，投资股东中就有三十余名职工持股，所以该公司不具备完全国有性质，因此，犯罪嫌疑人田某某不具有国家工作人员的身份。对于其利用职务便利收受回扣款的行为应当认定为公司企业人员受贿罪。换言之，该案件应当属于公安机关侦查的案件，此案的管辖权属于公安机关。
作为公诉部门在发现此问题后应当如何处理有不同的意见：一是直接改变定性，移送到法院审理。但是可能会出现法院以该案应当属于公安机关管辖的案件，而检察院却予以立案侦查，因侦查主体不合法，导致本案取得的所有证据无效，建议检察机关撤案的状况。二是将此案移送有管辖权的公安机关，重新变更管辖。如果移送公安机关改变管辖，那么就将意味着对案情一无所知的公安机关从头开始办案，该案已经经过的所有程序都将重复一遍，这必将耗费更大的人力、物力，增大诉讼成本，违反了诉讼经济原则，同时对于犯罪嫌疑人来讲就等于变相延长羁押。采用上述哪个方法，均会在一定程度上影响司法的公正与效率。办理此案使笔者陷入两难的境地，为此笔者也曾查阅了大量的资料和法律规定，在当时均无一可以借鉴。
经过反复深入的思考，笔者认为对于上述案件审理中的问题，应当根据法律赋予公诉部门的权限对案件进行全方面的审查之后，基于公诉权而确定的罪名向法院提起公诉，法院经开庭审理后对案件进行判决。这是对出现此类职能管辖冲突最经济有效，而且既能维护司法公正，同时又能维护犯罪嫌疑人合法权益的行之有效的方法。[page]
理由一，遵守管辖的立法精神。职能管辖是司法机关的内部分工和司法资源的内部分配，它着眼于从技术层面上进行划分。公检法是一个分工负责、相互配合、相互制约的整体，共同构筑我国侦查、起诉、审判完整的诉讼系统。应当说，刑诉法中关于管辖的规定在立法原意上涵盖了职能管辖冲突的原则。公检法三机关是有机的统一体，不能片面强调哪一方。如果过分强调各自职责的分明，过分地强调各负其责，会出现有些刑事案件得不到及时有效处理，不能及时有效地惩罚犯罪的情况，从而背离职能管辖的立法精神。我们应当充分的注意到职能管辖不仅体现分工负责，而且也体现相互配合和相互制约。因此，公、检、法三机关在按照职能管辖的规定进行刑事诉讼时，在分工负责的基础上，还需要相互支持，通力合作。在法律法规无明确规定时，应当以立法精神为办理案件的指导，最大限度地使案件得到圆满处理，不能违背立法原意。
理由二：坚持诉讼经济原则。刑事司法活动的积极目的是打击、惩治刑事犯罪，维护法律秩序，保障社会稳定和安全。只有提高司法效率，通过卓有成效的侦查犯罪、指控犯罪并进行及时审判才能实现国家的刑罚权。拖延的诉讼则会导致大量司法资源的耗费，难以实现刑事司法的效率，也很难提高刑事诉讼的经济效益。因为刑事诉讼的经济效益要求刑事诉讼以最小的投入换取最大的产出。因此，司法机关均应以最小限度的人力、财力和物力来完成刑事诉讼的任务，从而实现客观公正的刑事诉讼价值。
理由三：注重人权保障。在刑事诉讼中，根据刑诉法权利保障原则的要求，诉讼参与人的权利应当是全方位的保障，体现在诉讼活动的每个程序中。司法机关对诉讼参与人依法享有的权利负有保障的义务，不得加以限制或者剥夺，但是在某些时候往往容易被忽视。在解决上述案件问题中，如果将案件移送公安机关变更管辖，不仅可能贻误战机，而且无端造成办案期限延长，超期羁押等不良情况。这与现代刑事诉讼制度人权保障的趋势不相协调。因为这样做会造成被告人长期处于被怀疑、被控告的不确定状态，对其身心健康、社会交往、经济活动以及政治生活等方面带来一系列严重影响，特别是采取人身强制措施后，被告人在未定罪的情况下长期受羁押，其权利遭受的侵害更为严重。
2006年12月22日，最高人民检察院在给内蒙古自治区人民检察院的《关于<立案侦查的案件改变定性后可否直接提起公诉问题>的批复》中明确规定了“立案侦查时认为属于自己管辖的案件，到审查起诉阶段发现不属于人民检察院管辖的，如果证据确实、充分，符合起诉条件的，可以直接起诉。”这一批复为我们在今后的具体司法实践中提供了法律依据，如再遇到此问题会迎刃而解。高检院的批复恰恰证实了笔者意见的正确。[page]
