孙某于1995年12月因犯强奸罪被当地基层人民法院判处有期徒刑三年。判决生效后，孙某父母通过伪造病历帮助孙某非法保外就医，导致孙某被判刑后未被收监执行。
在非法保外就医期间，孙某又于1997年4月至11月犯强奸罪、强制侮辱妇女罪、故意伤害罪、寻衅滋事罪。昆明市中级人民法院于1998年2月一审对孙某数罪并罚，决定执行死刑，剥夺政治权利终身。云南省高级人民法院经二审，于1999年3月作出改判，判处孙小果死刑，缓期二年执行，剥夺政治权利终身。判决生效后，云南省高级人民法院于2007年9月作出再审判决，改判孙小果有期徒刑二十年。
后因发现该案原审过程中审判人员涉嫌受贿、徇私舞弊，已经发生法律效力的判决认定事实和适用法律确有错误，云南省高级人民法院于2019年7月18日作出再审决定，对该案涉及原审被告人孙某的犯罪部分进行再审，并于同年10月14日对该案依法开庭审理。
该案再审期间，云南省玉溪市中级人民法院一审判决认定孙某2010年4月出狱后又犯组织、领导黑社会性质组织罪、开设赌场罪、寻衅滋事罪、非法拘禁罪、故意伤害罪、妨害作证罪、行贿罪，数罪并罚，决定执行有期徒刑二十五年，剥夺政治权利五年，并处没收个人全部财产。宣判后，孙某表示不服，提出上诉。
云南省高级人民法院经二审，维持原判对孙某的定罪量刑。云南省高级人民法院于2019年12月23日依法公开宣判，维持昆明市中级人民法院1998年一审判决中对孙某的定罪量刑，与孙小果新犯罪行所判刑罚合并，决定执行死刑，剥夺政治权利终身，并处没收个人全部财产，并依法报请最高人民法院核准。
最高人民法院经复核，于2020年2月12日作出裁定，核准云南省高级人民法院决定对孙小果执行死刑，剥夺政治权利终身，并处没收个人全部财产的刑事判决。
最高人民法院复核认为，孙某在强奸犯罪中具有强奸妇女多人、奸淫幼女、在公共场所劫持、强奸未成年女性、非法限制人身自由、当众实施强奸、强奸再犯等特别严重情节或从重处罚情节。孙某犯罪手段极其残忍，犯罪情节极其恶劣，犯罪后果极其严重，主观恶性极深，人身危险性极大，依法应当予以严惩。云南省高级人民法院再审判决认定的事实清楚，证据确实、充分，定罪准确，量刑适当，审判程序合法，与新罪所判刑罚进行合并并无不当。
2020年2月20日，遵照最高人民法院下达的死刑执行命令，云南省昆明市中级人民法院对孙某执行死刑。
所有死刑，上诉的经过二审宣判，没上诉的高级法院要核准。但都必须再报经最高人民法院核准，核准后７天内执行。因为要最高法核准，一审二审不会告诉哪天执行，最高法也不会提前告知哪天核准，书面不告知，只有即将核准时法院内部的人可能知晓。为了安全内部的人一般不会提前泄密要核准了。
被判处死刑缓期执行的，在死刑缓期执行期间，如果没有故意犯罪，二年期满以后，减为无期徒刑；如果确有重大立功表现，二年期满以后，减为二十五年有期徒刑；如果故意犯罪，查证属实的，由最高人民法院核准，执行死刑。
判处死刑立即执行的，要逐级上报最高院核准，在司法实践中，对死刑复核期限可长可短，视案件情况由最高人民法院决定，法院在接到执行通知７日内交付执行。
１、执行死刑前，罪犯提出会见其亲属或者其近亲属提出会见罪犯申请的，人民法院可以准许。
２、人民法院将罪犯交付执行死刑，应当在交付执行３日前通知同级人民检察院派员临场监督。
３、执行死刑前，指挥执行的审判人员对罪犯应当验明正身，即认真核对被执行人的姓名、性别、年龄、籍贯、基本犯罪事实及其他情况，确保被执行的人就是判决、裁定所确定的死刑罪犯，以防止错杀；还要询问罪犯有无遗言、信札，并制作笔录，然后交付执行人员执行死刑。
４、执行死刑应当公布，禁止游街示众或者其他有辱被执行人人格的行为。
５、执行死刑完毕，应当由法医验明罪犯确实死亡后，在场书记员制作笔录。交付执行的人民法院应当将执行死刑情况（包括执行死刑前后照片）及时逐级上报最高人民法院。
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