针对职务犯罪、破坏金融管理秩序和金融诈骗犯罪、组织(领导、参加、包庇、纵容)黑社会性质组织犯罪这三类罪犯中有的减刑次数多、两次减刑之间间隔时间短等问题，指导意见明确规定，对依法可以减刑的三类罪犯，适当延长减刑的起始时间、间隔时间，从严把握减刑幅度。比如，对被判处无期徒刑的三类罪犯，确有悔改表现或者立功表现的，由过去“执行二年以上方可减刑”延长到现在“执行三年以上方可减刑”，而且增加规定“减为有期徒刑后，一次减刑不超过一年有期徒刑，两次减刑之间应当间隔二年以上”。
分析指出，根据指导意见的规定进行测算，即使三类罪犯具备所有条件，实行“到点就减刑”(实践中一般不可能这样)，无期徒刑罪犯经过几次减刑以后实际执行的刑期将比按之前规定的延长4年，最低也不会少于17年;死刑缓期执行罪犯经过几次减刑以后实际执行的刑期将比按之前规定的延长5年，最低也不会少于22年。
针对保外就医中存在的突出问题，指导意见明确规定，从严把握三类罪犯适用保外就医的严重疾病范围和条件。司法部将根据指导意见，正在修订《保外就医严重疾病范围》。指导意见还规定，虽然患有疾病，但不积极配合刑罚执行机关安排的治疗的，或者适用保外就医可能有社会危险性的，一律不得保外就医。
为了保证减刑、假释、暂予监外执行能够公平、公正地实施，指导意见着眼于提高透明度、强化监督制约，明确规定，拟提请减刑、假释、暂予监外执行的，一律提前予以公示;减刑、假释裁定书及暂予监外执行决定书，一律上网公开;对三类罪犯中因重大立功而提请减刑、假释的案件，原县处级以上职务犯罪罪犯的减刑、假释案件，组织(领导、包庇、纵容)黑社会性质组织罪犯的减刑、假释案件，原判死刑缓期执行、无期徒刑的破坏金融管理秩序和金融诈骗犯罪罪犯的减刑、假释案件，一律开庭审理。
指导意见还规定，对原厅局级以上职务犯罪罪犯减刑、假释、暂予监外执行的，应当向中央政法相关单位逐案报请备案审查;对原县处级职务犯罪罪犯减刑、假释、暂予监外执行的，应当向省级政法相关单位逐案报请备案审查。
为了强化责任、从严惩处腐败，指导意见明确规定，对减刑、假释、暂予监外执行各个环节的承办人、批准人，实行“谁承办谁负责、谁主管谁负责、谁签字谁负责”的执法办案质量终身负责制;对执法司法人员在减刑、假释、暂予监外执行中捏造事实、伪造材料、收受财物或者接受吃请的，一律清除出执法司法队伍;徇私舞弊、权钱交易、失职渎职构成犯罪的，一律依法从重追究刑事责任，而且原则上不适用缓刑或者免予刑事处罚。
同时，指导意见要求，对单位和个人为罪犯减刑、假释、暂予监外执行出具虚假病情诊断等证明材料的，或者在罪犯减刑、假释、暂予监外执行中搞权钱交易的，应当依法依纪追究责任，构成犯罪的还要依法追究刑事责任。
