两者在客观上都侵犯了公共财物的所有权；两者在客观上均是利用职务之便；主观上两者都是出于直接故意。但是，作为两种不同犯罪形式，两者又有如下区别：
（1）对犯罪客体侵犯程度与犯罪对象的范围不同。前者只侵犯公共财物所有权中的占有、使用、收益三种权能，而后者侵犯了包括出有、使用、收益、处分权能的公共财产所有权的四种权能；就犯罪对象而言，前者为公款和特定公物，后者为公共财产。
（2）犯罪的行为方式不同，前者是使用公款，后者是占有财物。
（3）犯罪的目的不同。前者只是暂时使用，后者为永久占有。
（4）犯罪的危害程度不同。挪用公款的数额并不等于对所有者造成的实际损失额，公款的本息要全部归还或追缴；而贪污数额就是对所有者的财产造成的实际损失数额。
（5）构成犯罪的时限要求不同。前者挪用公款数额较大归个人进行非营利性的合法使用的，必须非法控制公款超过三个月未还才构成犯罪；而贪污罪只要非法占有了公物即构成犯罪。
（6）在特定情况下的法律后果不同。如挪用公款未超过一万元归个人进行非营利性的合法使用时，超过三个月后在案发前全部归还本息的，可不认为犯罪；而贪污行为一经实施，即使在案发前全部退赃也不影响其犯罪的构成。
（7）量刑程度不同。后者要比前者处罚重。
