本罪的行为人在组织他人卖淫的过程中通常采用招募、雇佣、强迫、引诱、容留等手段，因此在触犯组织卖淫罪的同时，又可能触犯强迫卖淫罪和引诱、容留、介绍卖淫罪。《关于执行〈全国人民代表大会常务委员会关于严禁卖淫嫖娼的决定〉的若干问题的解答》第2条规定：“在组织他人卖淫的犯罪活动中，对被组织卖淫的人有强迫、引诱、容留、介绍他人卖淫行为的，应当作为组织他人卖淫罪的量刑情节予以考虑，不实行数罪并罚。如果这些行为是对被组织者以外的其他人实施的，仍应当分别定罪，实行数罪并罚。”在组织他人卖淫过程中故意重伤害被组织人，则单独构成了故意伤害罪，应当按本罪与故意伤害罪实行数罪并罚。
在组织他人卖淫的犯罪活动中，组织者与被组织者合在一起，通常组成一个相对稳定的团体，这一点与犯罪集团比较相似，但两者有本质的区别：
(1)犯罪集团是共同犯罪的一种形式，不是罪名，只是量刑的一个情节;组织卖淫罪是一个独立的罪名，不是犯罪情节;
(2)在组织他人卖淫的活动中，只有组织者、协助组织者构成犯罪，被组织者不构成犯罪，而犯罪集团的成员，无论是组织犯、实行犯、帮助犯、教唆犯，只是实施共同犯罪的行为，都构成犯罪;
(3)犯罪集团一般有固定的组织形式，并长期或多次进行一种或多种犯罪活动。而组织卖淫罪不以是否具有固定的组织形式及犯罪活动的时间、次数为构成要件。
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