(1)一罪滋生数罪，对非法采矿不能及时惩处，以至于发生各种灾害后果，一发不可收拾。非法采矿往往潜伏着各种突发事故隐患，现有的法律制度无法全面有效的规制非法采矿罪，更无法解决操作中的种种问题与弊端。现今理论界对非法采矿罪的构成要件一直是众说纷纭，无法形成较为明显的主流框架，因而导致非法采矿罪立法上存在较大缺陷。根据刑法第343条的规定非法采矿罪是结果犯，其既遂的标准为是否造成了矿产资源的破坏的结果。从刑法和2003年5月公布的《关于审理非法采矿、破坏性采矿刑事案件具体应用法律若干问题的解释》的规定来看，要成立非法采矿罪，客观上要求行为人不但有非法开采的行为，且责令停业后拒不停业，还必须造成造成5万元以上的矿产资源破坏的结果。这种定罪标准，客观上有利于造成放纵破坏矿产资源的漏洞，一旦发生非法采矿，不能及时启动刑法保护程序，等到违法行为造成了一系列灾害后果及至危害人身安全时，将法律的滞后性放大到了消极的程度。
(2)非法采矿案件定性困难，存在立法不明确、缺乏可操作性等缺陷。据统计，近年来非法采矿行为约占全部矿产资源违法行为的80%，并且大部分非法采矿行为是在无地质资料和无矿产资源开发利用方案的情况下进行的。问题发生后，法律适用上没有明确的区分非法采矿和非法采矿造成后果的标准，很难区分衡定定罪量刑的标准。明确非法采矿罪的概念和构成特征，对处理相关案件十分重要。
非法采矿行为是单位或个人在不符合国家规定的采矿条件未取得采矿许可证的情况下，擅自进行矿产资源开采的行为，通常缺乏一定的技术设备和科学管理，因而在非法采矿过程中常常同破坏性采矿罪混淆，非法采矿罪与破坏性采矿罪区别的关键在于是否有合法采矿权;非法采矿罪与重大责任事故罪区别的关键在于，“造成的结果”是矿产资源的破坏，还是人身伤亡，可非法采矿过程中还时常伴有重大责任事故罪和重大安全责任事故罪发生。这就涉及到了四罪区分的问题，法律规定非法采矿罪如果没有造成矿产资源破坏则不追究行为人刑事责任，应予以相应的行政处罚，所以根本不能及时有效的划清各罪界限，加上现实中却有种种纠缠不清的原因致使四罪定性比较困难。另外，越界采矿行为也应被规定为单独的犯罪并承担相应刑事责任;在禁止性开采地区采矿的行为也应以非法采矿罪论处。立法的不完善直接导致了定罪量刑的困境。没有一个统一的标准，实践中许多非法采矿罪就数罪并罚，法律的公正无法实现。
(3)无法妥善解决惩与戒的基本矛盾，导致恶性循环。根据已然之罪确立刑罚及其惩罚程度，追求罪罚之间的对等性，这是报应刑论一直追求的刑罚目的。非法采矿罪执行中无法实现罪与罚的对等，达不到惩戒的目的，不能完整地实现刑罚的功能。首先，非法采矿罪使用的刑种单一，包括：有期徒刑，拘役，管制和罚金，单位犯罪采取双罚，对单位处罚金，对个人处刑罚。这一刑种的设置缺乏资格刑的选择，如解散法人，逐出市场等，无法防止行为不进行重复犯罪的可能性，以至于避免不了当前屡禁不止反复发生的矿难。其次，非法采矿的法定刑幅度一直偏轻，非法采矿罪最高刑为7年，虽设置了罚金，但并没有明确罚金的数额或确定标准。实践中，徒刑偏低，罚金数额常常远远低于行为人所造成的矿产资源破坏的价值，所以，根本无法实现刑罚的目的与功能，达到真正保护矿产资源的效果。
(4)非法采矿罪在客观方面的宽泛使本应构罪却难以构罪。《刑法》第343条规定：未取得采矿许可证擅自采矿，经责令停止开采后拒不停止开采，造成矿产资源破坏的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制;造成矿产资源严重破坏的，处三年以上七年以下有期徒刑。
(5)现行非法采矿罪的构成背离了刑法的功能。首先，刑法价值取向上偏重于经济性判断标准。“传统刑法的立法指导思想或宗旨是对人身或财产权的保护，立足于经济性判断之上。没有立足于环境效益或环境性刑事法律制度，即使有一些与资源或环境相关的罪名规定，与环境保护的要求也相去甚远”。其次，犯罪类型上认定为结果犯而不是行为犯。学者认为：“非法采矿罪为结果犯，必须有矿产资源遭受开采的破坏结果方能构成”。法律也规定：造成矿产资源破坏达5万元以上为构罪起点。这种放纵与世界其他国家关于非法勘探、开采的行为犯罪相距甚远。其差距正是法形式与法内容相脱离的表现。最后，法定罪状中前提性违法与实害性违法相冲突。“未取得采矿许可证擅自采矿”是行为违法，“造成矿产资源破坏的”是犯罪的结果犯，两者杂揉在一起，照顾结果犯而放纵行为犯，所以这种杂揉是放纵犯罪的秘密通道。
(6)非法采矿罪破坏的矿产资源价值鉴定面临问题。2003年5月29日，最高人民法院颁布了《关于审理非法采矿、破坏性采矿刑事案件具体应用法律若干问题的解释》(以下简称《解释》)，着重对非法采矿罪和破坏性采矿罪的构成条件、犯罪定罪量刑的数额标准，以及价值数额鉴定机构等问题作了明确规定。但是，在依法惩处破坏矿产资源的犯罪活动中，面临如何科学、客观、公正地鉴定非法采矿、破坏性采矿破坏的矿产资源价值数额的问题，矿产资源价值评估和矿业权评估是两个不同概念。矿产资源价值评估是国家以所有者的身份出现，为了把实物形态的矿产资源转化为货币形态，进而将矿产资源纳入国民经济核算体系而进行的评估。矿业权评估是市场经济发展的产物，特指对矿产资源使用权——矿业权的价值的评价和估算。对非法采矿造成矿产资源破坏的价值鉴定问题缺乏研究，致使现实中适用相关法律及《解释》时存在概念不清、操作带有随意性等问题，导致非法采矿造成矿产资源破坏的价值鉴定方法的随意性和鉴定结果相差的悬殊性。不同的方法会使针对相同对象的估算结果相差几倍、几十倍，甚至上百倍，致使罪与非罪、造成矿产资源破坏与严重破坏等的界限虚无化。
(7)探讨非法采矿破坏的矿产资源数额界定与非法采矿破坏的矿产资源价值内涵存在问题。非法采矿破坏的矿产资源量等于用合理方法应采出而因非法采矿破坏无法采出的矿产资源，不包括已经非法采出的部分，在实践中面临以下问题：第一，对用合理方法应采出而因非法采矿破坏无法采出的矿产资源数额鉴定，需要详查地质资料和正规的矿产资源开发利用方案。然而，大部分非法采矿行为是在无地质资料和无正规矿产资源开发利用方案的情况下进行的，补做地质工作获取详查及以上勘查程度的地质资料，以及在此基础上补做正规矿产资源开发利用方案，将耗费大量的人力、物力、财力和需要较长时间，经济上和时间上可行的可能性很小。第二，对用合理方法应采出而因非法采矿破坏无法采出的矿产资源数额鉴定，需要可靠的非法采矿过程的原始记录资料，借助于该资料，才能了解非法采矿形成的采空区现状、各采空部分形成的时间顺序等，据此才能界定非法采矿影响的矿床范围和估算用合理方法应采出而因非法采矿破坏无法采出的矿产资源数额。但在实践中，可靠的非法采矿过程的原始记录资料难以获取。第三，对用合理方法应采出而因非法采矿破坏无法采出的矿产资源数额，目前缺乏有效的鉴定技术。即使上述第一和第二条中的所需资料均已具备，在此基础上有效估算用合理方法应采出而因非法采矿破坏无法采出的矿产资源数额仍是目前的技术难题。而矿产资源价值一般有三种表现形式，即潜在价值、提取价值和工业价值。矿产资源潜在价值是根据地质勘查所提交的矿产资源储量估算出来的价值，未扣除基础建设投资和采选加工成本，未考虑有用部分的实际回收，实际上是矿床自然丰度的经济价值。上述3种矿产资源价值不宜作为非法采矿破坏的矿产资源价值尺度。矿产资源是非流转物，不能直接从市场上寻求其价值或者价格，只有当人们把矿产资源开采出来形成矿产品之后，才能从矿产品的交易价格中体现出矿产资源的价值。
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