在实际中，与证券发行交易有关的诈骗、贿赂、挪用、信用交易、内幕交易等等行为往往交织在一起，因此，在认定非法经营罪的时候，还要注意和彼罪的界限。
一、本罪和擅自设立金融机构罪的界限
擅自设立金融机构罪，是指未经国家有关主管部门的批准，擅自设立商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构的行为。两罪的主要区别在于客观方面的行为方式不同。擅自设立金融机构是针对设立行为的，只要行为人有非法设立商业银行、证券交易所、期货交易所等金融机构的行为，不必实际开展证券、期货等金融业务，就可以构成犯罪；而非法经营罪则是针对经营行为的，即行为人形式上没有成立所谓的商业银行、证券交易所等金融机构，但是实际上从事了证券、期货等业务的，就可以构成本罪。
二、本罪和擅自发行股票、公司、企业债券罪的界限
擅自发行股票、公司、企业债券罪，是指未经国家有关主管部门批准，擅自发行股票或者公司、企业债券，数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的行为。两罪的区别主要表现在客观行为方式的不同：擅自发行股票、公司、企业债券行为方式表现为未经国家有关主管部门批准，擅自发行股票或者公司、企业债券的行为；非法经营罪行为方式表现为未经国家有关主管部门批准，非法经营证券、期货或者保险业务的行为。关于如何定罪在《关于整治非法证券活动有关问题的通知》中有较为具体的规定（在分析共犯问题的部分己有引用）。
三、本罪与诈骗罪的界限
诈骗罪，是指以非法占有为目的，采用虚构事实或者隐瞒真相的欺骗方法，是受害人陷于错误认识并自愿处分财产，从而骗取数额较大的公私财产的行为。本罪与诈骗罪的区别主要在于：
一是两罪侵犯的客体不同，非法经营罪侵犯的客体是国家对证券、期货行业的监督管理秩序；诈骗罪侵犯的客体是公私财产所有权。
二是两罪的主观方面不同，非法经营罪的主观目的是通过非法经营证券、期货业务来赚取非法利润；诈骗罪的主观目的是非法占有受害人的财产。
三是两罪的客观方面不同，诈骗罪的行为人采用虚构事实或者隐瞒真相的欺骗方法，使受害人限于错误认识并自愿处分财产，从而骗取数额较大的公私财产；非法经营罪的行为人是通过非法经营证券、期货和保险业务来赚取非法利润。
通过对证券、期货类非法经营罪在刑法理论上的分析以及结合本院在办理典型案件的过程中积累的有益经验。笔者认为，目前我国立法中还有以下几个问题尚待完善。
（一）关于证券、期货交易违规行为的查处问题，中国证券监督部门已经配合稽查队伍，取得了一定的成绩积累了一定经验，但却没有形成办案体系。目前看来，和证券监督机关协调后立案查处，是较好的方法和途径，因此，应当对此路径进行完善，让证券监督部门事先行政确认成为一种前置程序，使行政性质确认文件具备如“伤害鉴定”一样的鉴定效力。
（二）相关司法解释应当尽快出台。非法证券、期货交易犯罪虽然具有一定的共同性的地方，但是证券交易毕竟不同于期货交易，因此两者对市场造成的危害在数量上和范围上也有很大的不同。一些立法中常用到的特定词语“情节严重”、“情节特别严重”、“数额巨大”、“造成严重后果”等等定罪和量刑的要件也没有一个较为明确的标准。虽然在2001年4月18日，最高人民检察院和公安部发布了《关于经济案犯罪案件追诉标准的规定》，但法院却并没有相应的司法解释配套，所以可操作性并不强。
笔者建议，有关部门应深入调研，尽快出台司法解释。在刑法暂时无法将非法证券交易犯罪和非法期货交易犯罪分立的情况下，通过司法解释对两者的定罪、量刑情节做出不同的规定，指定不同的犯罪立案、起刑点等的数额标准，应该是比较符合我国立法和司法实际需要的。
（三）关于共犯的司法解释尚存在不合理的地方。不应该简单的以“事先共谋”与否来作为划分是否为共同犯罪的标准。是否构成共犯，要看行为人是否具备共同为某一犯罪行为的犯罪故意，还要具体分析行为人在犯罪过程中在什么环节上，实施了什么性质的行为，侵害的是什么社会法益。不能机械的以共谋来认定共同犯罪，更不能因为共同犯罪的认定机械的将两种性质的行为定性为同一个罪名。毕竟，共同犯罪以不同的罪名来论处，已经不是一个尚在讨论的新鲜问题了。
