由于商业秘密是一种能够创造经济利益的技术信息和经营信息，是无形资产，侵犯商业秘密，不仅直接表现权利人现实利益的缩减，也可能表现预期合理利益丧失，单独从被害人一方计算损失，通常遇到难以计算的困难。在刑事司法实践中，一般是参照法律规定的侵权人应当承担的民事赔偿属数额确定给权利人造成的损失额。
根据反不正当竞争法第二十条第一款的规定，经营者侵犯商业秘密，给权利人造成损害的，应当承担损害赔偿责任。权利人的损失难以计算的，赔偿额为侵权人在侵权期间因侵权行为所获得的利润；并应当承担被侵害的经营者因调查该经营者侵害其合法权益的不正当竞争行为所支付的合理费用。
目前，对商业秘密权利人直接经济损失的计算主要有成本说、价值说、损失说、获利说、转让费说等几种主要方法。但这些方法的计算，与商业秘密不同于普通财产的特殊性并不完全相应，其中任何一种方法都有不全面或者不完全合理的缺陷。只有根据具体案件具体分析，根据不同的情况选择相对合理的标准，予以认定，具体讲，有以下几种思路：
1、直接计算损失法
即直接计算权利人在被侵权期间失去的利润，可采取对比分析法，比较侵权期间的上一年度，相同时间段，相同生产量的情况的获利，利润的缩减量就是其侵权期间的直接经济损失。这种方法主要运用在市场行情相对稳定，权利人生产、经营处于连续状态，生产、经营的记载数量资料齐备，企业没有处于破产或者倒闭等状态的情形。
2、成本计算法
审计核算权利人研究、开发、生产、保护商业秘密投入的费用，累计得出总额。这种方法主要运用在权利人开发商业秘密不久尚未投入生产和经营，即被侵犯，致使商业秘密在行业内广为扩散、传播，使其权利人研究、开发技术和经营信息完全丧失秘密性已经无采取保密措施之必要的条件下。
3、许可使用费用法
即以权利人对商业秘密许可他人使用的同等条件下的合理价格确认。这种方法主要运用在权利人对商业秘密已与他人进行有偿许可使用的先例，且相距时间较近的情形。或者权利人与侵权人曾就商业秘密有偿使用达成过协议，后侵权人以种种借口不履行合同。
4、计算侵权人获利法
在前面三种方法适用条件均不具备，权利人的损失难以计算的情况下，可以通过反向思维，把权利人的损失额作为侵权人在侵权期间因侵权行为所获得的利润。这种方法虽然在反不正当竞争法有明文规定的，但是要运用到刑事司法中，要特别慎重。是计算销售利润、还是营业利润、还是净利润，是否包括预期利益，立法和司法解释没有明确。笔者认为，刑法上所规定的损失数额的计算方法与民法上规定的损失金额的计算方法不同。
除法律有特别规定之外，在刑法上只计算犯罪行为直接引起的损失数额，这也与最高人民检察院、公安部对此罪规定的立案标准即统计直接经济损失的规定一致。而在民法、行政法上的损失金额不仅要计算本金还要计算利息，还要计算可能产生的收益。侵犯商业秘密罪直接损失认定，采用侵权人获利额时应当是已经实际获利和必然获得的利益，一般以销售收入-销售成本=销售利润的公式予以计算，也可以销售额乘以平均利润率为计算公式。
