职务侵占罪的认定应遵循以事实为依据、以法律为准绳的基本原则。侦、控、审三部门搜集、采信的证据除必须具备客观性、关联性和合法性等三个条件特征，职务侵占罪的证据必须与本罪构成要件紧密关联外，笔者认为认定职务侵占罪的证据体系还需要从以下几方面加以考虑：
1、调取有关被害单位的企业注册登记资料和劳动合同，证实犯罪嫌疑人的职务、身份的证据材料，以确定犯罪主体。
2、犯罪嫌疑人所占有的财物是否为利用职务上便利的证据材料。
3、调取财物账目等有关犯罪对象和数额的证据，并由司法会计审计部门作出审计鉴定报告。
4、根据犯罪嫌疑人的作案手段，收集相关的物证，如用来平帐的假发票，伪造、变造的有关帐目的凭证等。
5、犯罪嫌疑人所侵占财物的去向的证据材料，如挥霍、还债等。
6、追缴的赃款、赃物，根据需要进行拍照固定证据，并由估价部门对赃物作出估价鉴定。
7、有必要的对提取的文字材料进行文字鉴定。
8、询问案件涉及的参与人、知情人、关系人，获取案件有关事实和证据。
9、审讯犯罪嫌疑人。应问清：
(1)、犯罪的动机、目的；
(2)、犯罪的手段、方法，重点在于是否利用职务之便将本单位财物非法占有；
(3)、犯罪的时间、地点、次数、作案过程；
(4)、赃款、赃物的去向；
(5)、有共同犯罪的问清预谋、分工情况，区分地位、作用，确认分赃情况等。
综上所述，职务侵占罪在认定方面存在一定的困难，因此在认定过程中我们必须从犯罪的构成特征出发，做到以事实为依据，以法律为准绳，明确区分职务侵占罪与盗窃罪、贪污罪等罪，以免造成适用法律错误，形成冤、假、错案，从而维护社会稳定，为我国建设和谐社会提供一个法治的良好社会环境。
