金融系统发生的挪用公款罪与违法发放贷款罪，在客观方面都是采用违法的手段将公款支付给他人（包括给其他单位）使用，且二罪所侵犯的客体都是我国刑法所保护的经济管理制度和财产关系。因此在发生此类案件时，司法部门常常在管辖和定性问题上意见不一，使案件迟迟得不到处理。实际上，两罪是有明显区别的。
首先，挪用公款罪的犯罪主体只能是自然人，单位构不成挪用公款罪的犯罪主体，而违法发放贷款罪的犯罪主体，既可以是自然人，也可以是单位。而且，挪用公款罪的主体只能是国家工作人员，违法发放贷款罪的主体既可以是国家工作人员，也可以是非国家工作人员。
其次，在客观方面，一是款项用途不同。挪用公款罪的款项用途，是用于挪用者本人，也包括挪用者将款借给他人使用。而违法发放贷款罪的款项用途，既可以是给个人（不包括违法发放贷款者本人），也可以是给单位使用。二是对造成的后果要求不同。违法发放贷款罪的后果要求必须是造成重大损失，而挪用公款罪则无此要求，是否造成重大损失不影响挪用公款罪的构成。
另外，挪用公款罪与违法发放贷款罪还有一个区别就是挪用公款罪行为人的行为都是擅自的，超越职权的行为，往往是在掩人耳目、秘密的情况下实施的。而违法发放贷款罪的行为人实施的犯罪，都是在公开的情况下实施的，绝大部分还有一定的审批手续，（当然这种审批手续是违反法律和行政法规的）。
在司法实践中，还有一种特殊情况，那就是有的违法发放贷款的行为人，在给贷款人贷款前就讲好，贷出的款由发放贷款人使用一部分。当款贷出后，发放贷款的行为人从中截留部分款项归自己使用。对违法发放贷款人个人使用的这部分款如何认定是有争议的。有的同志认为仍应按违法发放贷款罪认定。因为款一贷出，此款的所有权就归了贷款方。贷款方有权决定是否同意（或批准）违法发放贷款人使用部分款项。如果同意（或批准）其使用，那样双方就形成了借贷关系，但这是民事法律关系，不属刑法调整。因此，只能按违法发放贷款罪对其处罚。还有的同志认为这种情况属想象竞合（或称为法条竞合），对其应按法定刑最重的一个罪定性处罚。因此，违法发放贷款人将违法贷出的款部分归个人使用，应按挪用公款罪定罪量刑。
笔者认为以上两种意见均不妥。第一种意见将用款的行为与利用职务之便截然分开是错误的，违法发放贷款人向贷款人提出的这种用款需求显然是看到了贷款人急于贷到款的心理，就利用了发放贷款的职务之便，要挟贷款人。如果贷款人不答应其要求，就可能贷不到款，因而被迫答应其用款要求。所以，这种行为不能认为是借贷关系，应认定为是冒名贷款。而第二种意见则没有看到，违法发放贷款人利用职务之便，从贷款方截留部分贷款归自己使用的行为，与违法发放贷款的行为不是一个危害行为，二者在客观方面表现是不同的，这在前文已有论述，行为人实际上一开始就是利用贷款人的名义自批自贷、冒名贷款。因此笔者认为，违法发放贷款人在违法发放贷款时，截留部分贷款归自己使用，应按违法发放贷款罪和挪用公款罪分别定罪，数罪并罚。 [page]
