在认定本罪主观方面的问题时，有两个问题值得探讨：
第一，行为人事先不知道对方是黑社会性质组织而予以包庇、纵容，过了一段时间后知道对方是黑社会性质的组织而仍然予以包庇、纵容，对于这种情况应如何处理？有学者认为，行为人开始不知道对方是黑社会性质组织而予以包庇、纵容，因其主观上无故意，不构成本罪，成立其他罪的按其他罪处理。但是，当行为人知道对方是黑社会性质组织后仍予以包庇、纵容，其主观上即产生了犯罪故意，其客观上又实施了包庇、纵容行为的，应构成包庇、纵容黑社会性质组织罪。 笔者认为，在上述情况中，应看行为人前后实行的两个包庇、纵容行为是否具有整体性。换言之，应自行为人的立场来看，其前一包庇、纵容行为是否已经不需要再继续进行，也即其包庇行为是否已经使对方逃避了法律追究，其纵容的违法犯罪行为是否已经实行完毕。如果是肯定的，则不认为前后两个包庇、纵容行为具有整体性，那么，就可采用上述学者提出的处理方式。如果是否定的，就应认为前后两个包庇、纵容行为具有整体性，也就是应将其看作是一个实行行为的不同发展阶段，在行为人的主观认识内容发生变化后，支配后一包庇、纵容行为的意志包容或认可了支配前一包庇、纵容行为的意志，因此，对行为人应以包庇、纵容黑社会性质组织罪论处。
第二，行为人对行为对象发生认识错误，对其包庇、纵容行为如何处理？对此，应按解决认识错误的原则处理。即其一，如果行为对象本来不是黑社会性质组织，或黑社会性质组织进行的违法犯罪行为，而行为人误认为是的，属于对象不能犯的未遂，在行为人对于行为对象是犯罪组织或犯罪行为没有发生认识错误的情况下，应将该种情形看作包庇、纵容黑社会性质组织罪与窝藏、包庇罪等犯罪的法规竞合，按前述的解决法规竞合的原则处理；在行为对象本来不是犯罪组织与黑社会性质组织或犯罪行为，而行为人误以为是黑社会性质组织或黑社会性质组织进行的违法犯罪行为的情况下，直接按包庇、纵容黑社会性质组织罪（未遂）处理即可。其二，如果行为对象本来是黑社会性质组织或黑社会性质组织进行的违法犯罪行为，而行为人误认为不是的，在其对行为对象属于犯罪组织或犯罪行为没有发生认识错误的情况下，应按窝藏、包庇罪等其他犯罪处理；在行为人根本不认为且也没有可能认识到行为对象是犯罪组织与黑社会性质组织或犯罪行为的情况下，应按无罪处理。
