我国刑事诉讼程序为侦查、审查起诉、审判三个阶段，刑事诉讼法对疑罪从无原则在这三个阶段的适用分别规定了不同的处理方式，这些处理方式的差异有其合理性，但也存在缺陷。审判阶段是适用疑罪从无的典型阶段，审查起诉阶段检察机关享有选择适用疑罪从无的原则的权利，侦查阶段对适用疑罪从无原则未做明确规定，能否适用、如何适用需要通过对法律条文的前后逻辑关系进行推理而得出。
(一)审判阶段
我国刑事诉讼法第一百六十二条第(三)项规定，“证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足，指控罪名不能成立的无罪判决。”这是对疑罪从无原则的典型概括。刑事诉讼法第一百七十一条第(三)项规定，“缺乏罪证的自诉案件，如果自诉人提不出补充证据，应当说服自诉人撤回自诉或裁定驳回。”这也是在审判阶段贯彻疑罪从无原则的表现。“从无”即是无罪。根据刑事诉讼法第十二条“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。”人民法院对成立犯罪具有专属的认定权，反之，认定无罪也是人民法院应当享有的权利(但并非是专属权利，检察机关也享有无罪认定权)。疑罪从无原则在审判阶段得到彻底地贯彻毫无疑问。
(二)审查起诉阶段
刑事诉讼法第一百四十条第四款规定，“对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足的，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。”检察机关享有的不起诉权即是无罪认定权，行使这项权利即是适用疑罪从无原则。须注意的是，不起诉仅仅是“可以不起诉”，“可以不起诉”意味着也“可以起诉”。这就是说，是否适用疑罪从无原则，检察机关是享有选择权的。当然，“可以不起诉”并不完全等同于“可以起诉”，而且我国立法对起诉或不起诉还是有一定倾向性的。通观起诉部分的法律条文，基本上都是对起诉进行规定，只有在极特别的情况下，符合一定的条件才可以不起诉，且仅仅是“可以”而非“应当”。所以说，“可以不起诉”是带有“起诉”的倾向性的。
(三)侦查阶段
侦查机关适用疑罪从无原则的法律依据是相对模糊的： (1)我国《刑事诉讼法》第一百二十九条规定“公安机关侦查终结的案件，应当做到犯罪事实清楚、证据确实充分.…..”。 (2)第七十四条规定，“犯罪嫌疑人、被告人被羁押的案件，不能在本法规定的侦查羁押……期限内办结，需要继续查证、审理的，对犯罪嫌疑人、被告人可以取保候审或监视居住。” (3)第一百三十条规定“在侦查过程中发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的应当撤销案件……”。 (4)第五十八条第二款规定“在取保候审、监视居住期间……，对于发现不应当对犯罪嫌疑人追究刑事责任或取保候审、监视居住期限届满的，应当及时解除取保候审或监视居住。” 上述众多条文虽然没有明确赋予侦查机关对证据不足的疑罪案件可以直接适用疑罪从无原则的权利，但也未明文否定。从条文的相互关系中，我们是可以推理出适用疑罪从无原则的可行性的： 侦查机关终结案件须达到“证据确实、充分”的要求，若证据不足则不得终结，不得移送检察机关审查起诉。由于不能启动下一诉讼程序，则事实上是适用了疑罪从无原则。侦查机关撤销案件的理由是“发现对犯罪嫌疑人不应追究刑事责任”，“不应追究刑事责任”是指查明案件不存在犯罪事实或犯罪嫌疑人的行为符合刑事诉讼法第十五条的规定。[②] “不存在犯罪事实”应是指有确凿证据证明犯罪嫌疑人的行为没有触犯刑法的规定，不应包括缺少证据证明有犯罪事实的情况。故从严格意义上讲，“证据不足”不属“不应追究刑事责任”的情况，也就是说，对证据不足的案件侦查机关一般不得直接撤销案件，而应在侦查羁押期限届满后改为取保候审或监视居住，待取保候审或监视居住期限届满按自动撤销案件处理。最终结果是，证据不足的疑罪案件还是在侦查机关就已经终止。上述推理说明的是，疑罪从无原则在侦查阶段是可以适用的。但由于没有法律的明文规定，适用疑罪从无原则完全依赖于侦查或羁押的期限，故这种适用仅仅是被动适用，侦查机关不具有适用该原则的主动权。
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